PDB-7e3f: Crystal structure of Trypanosoma brucei cathepsin B Y217C/S275C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e3f

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei cathepsin B Y217C/S275C mutant

要素

Cysteine peptidase C (CPC)

キーワード

HYDROLASE / In cell crystal

機能・相同性

機能・相同性情報

post-transcriptional regulation of gene expression / proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Abe, S. / Pham, T.T. / Negishi, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Design of an In-Cell Protein Crystal for the Environmentally Responsive Construction of a Supramolecular Filament.
著者: Abe, S. / Pham, T.T. / Negishi, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, T.

履歴

登録	2021年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e3f.cif.gz	79.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e3f.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e3f_validation.pdf.gz	1013.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e3f_full_validation.pdf.gz	1017.2 KB	表示
XML形式データ	7e3f_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	7e3f_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e3eC 7e3gC 4hwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yvj-1 4hwy-d 7e3e-d 7e3g-d 5g6t-2 3cmn-d 1pbh-d 4n4z-d 1a7j-d 7msd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cysteine peptidase C (CPC)

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.650, 123.650, 54.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質

Cysteine peptidase C (CPC)

分子量: 34382.277 Da / 分子数: 1 / 変異: Y217C, S275C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.560
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D6XHE1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: in cell / 詳細: In cell crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 18117 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 243 % / CC_1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.37 Å / Num. unique obs: 445 / CC_1/2: 0.416

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4hwy

4hwy

解像度: 2.35→49.751 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 8.383 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.234

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	922	5.1 %
R_work	0.2189	17158	-
all	0.221	-	-
obs	-	18080	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.751 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	67	36	2482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.682	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	1.613	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.56	21.94	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.221	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.574	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.188	3.036	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.187	3.034	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.454	4.54	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.454	4.542	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.012	3.442	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.012	3.442	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.724	5.033	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.723	5.035	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.889	34.014	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.89	34.008	2603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.407	72	0.341	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.477	0.352	52	0.317	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.364	62	0.307	1169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.627	0.323	69	0.285	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.627-2.713	0.315	71	0.245	1110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.808	0.25	53	0.219	1077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-2.914	0.231	54	0.208	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.033	0.258	75	0.208	993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.168	0.261	52	0.219	976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.168-3.322	0.24	45	0.208	912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.322-3.502	0.249	53	0.209	883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.502-3.714	0.215	42	0.209	845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.714-3.97	0.2	46	0.203	793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.287	0.23	34	0.175	746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.287-4.695	0.128	34	0.135	697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.695-5.247	0.261	29	0.147	626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.247-6.055	0.22	20	0.185	582	X-RAY DIFFRACTION	100
6.055-7.407	0.233	29	0.246	479	X-RAY DIFFRACTION	100
7.407-10.438	0.309	20	0.273	392	X-RAY DIFFRACTION	100
10.438-49.7	0.67	10	0.452	242	X-RAY DIFFRACTION	98.4375

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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