PDB-7e3e: Crystal structure of Trypanosoma brucei cathepsin B R91C/T223C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e3e

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei cathepsin B R91C/T223C mutant

要素

Cysteine peptidase C (CPC)

キーワード

HYDROLASE / In cell crystal

機能・相同性

機能・相同性情報

post-transcriptional regulation of gene expression / proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Abe, S. / Pham, T.T. / Negishi, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Design of an In-Cell Protein Crystal for the Environmentally Responsive Construction of a Supramolecular Filament.
著者: Abe, S. / Pham, T.T. / Negishi, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, T.

履歴

登録	2021年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e3e.cif.gz	80.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e3e.ent.gz	56.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e3fC 7e3gC 4hwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n4z-d 6the-d 7e3f-d 5g6t-2 3cmn-d 6ala-2 4hwy-d 6tbz-d 7e3g-d 4zkc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cysteine peptidase C (CPC)

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.100, 125.100, 55.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-465- HOH
2	1	A-466- HOH

#1: タンパク質

Cysteine peptidase C (CPC)

分子量: 37207.676 Da / 分子数: 1 / 変異: R91C, T223C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.560
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D6XHE1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: in cell / 詳細: In cell crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20010 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 558 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.32 Å / Num. unique obs: 496 / CC_1/2: 0.374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4hwy

4hwy

解像度: 2.3→46.764 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 8.498 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.233

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2728	1006	5.041 %
R_work	0.2213	18950	-
all	0.224	-	-
obs	-	19956	99.9 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.755 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.755 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	67	68	2514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.68	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	1.613	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.187	22.105	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.35	15	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.087	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_refined	0.25	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.247	3.315	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.239	3.312	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.528	4.953	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.527	4.956	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.858	3.722	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.856	3.722	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.571	5.462	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.57	5.464	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.8	37.686	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.794	37.69	2633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.457	69	0.382	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.424	0.385	71	0.341	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.495	0.332	57	0.314	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.495-2.571	0.293	64	0.296	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.656	0.319	77	0.262	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.656-2.749	0.287	71	0.228	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.749-2.852	0.287	58	0.214	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.969	0.229	60	0.207	1097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.101	0.278	74	0.207	1057	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.252	0.278	63	0.215	1020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.252-3.427	0.236	52	0.209	972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.635	0.257	41	0.211	936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.635-3.885	0.208	50	0.2	873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.885-4.196	0.237	43	0.168	823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.196-4.595	0.199	38	0.151	767	X-RAY DIFFRACTION	100
4.595-5.136	0.229	31	0.144	687	X-RAY DIFFRACTION	100
5.136-5.927	0.183	26	0.191	641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.927-7.251	0.27	29	0.25	528	X-RAY DIFFRACTION	100
7.251-10.221	0.309	22	0.291	428	X-RAY DIFFRACTION	100
10.221-46.764	1.041	10	0.399	255	X-RAY DIFFRACTION	92.9825

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)