PDB-7e2p: The Crystal Structure of Mycoplasma bovis enolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e2p

タイトル

The Crystal Structure of Mycoplasma bovis enolase

要素

Enolase

キーワード

LYASE / moon light protein / phosphopyruvate hydratase / CELL ADHESION

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplasma bovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chen, R. / Zhang, S. / Gan, R. / Wang, W. / Ran, T. / Shao, G. / Xiong, Q. / Feng, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Evidence for the Rapid and Divergent Evolution of Mycoplasmas: Structural and Phylogenetic Analysis of Enolases.
著者: Chen, R. / Zhao, L. / Gan, R. / Feng, Z. / Cui, C. / Xie, X. / Hao, F. / Zhang, Z. / Wang, L. / Ran, T. / Wang, W. / Zhang, S. / Li, Y. / Zhang, W. / Pang, M. / Xiong, Q. / Shao, G.

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e2p.cif.gz	420.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e2p.ent.gz	285.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e2qC 6j36S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j36-1 4ewj-1 5bof-1 4xgu-d 4a3r-1 4a3r-2 4yvs-d 6mgq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enolase

B: Enolase

A: Enolase

B: Enolase

A: Enolase

B: Enolase

A: Enolase

B: Enolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
404 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.221, 142.221, 107.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase 分子量: 50512.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplasma bovis (バクテリア) / 遺伝子: eno, H0I36_02020 発現宿主: Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7D5V839, phosphopyruvate hydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.14M Calcium chloride dihydrate, 0.07M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 14% v/v 2-Propanol, 30% v/v Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.96 Å / Num. obs: 115149 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.51 Å² / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 15087 / R_rim(I) all: 0.775

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6j36

6j36

解像度: 1.7→19.72 Å / SU ML: 0.1589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7033
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	5819	5.07 %
R_work	0.1581	109010	-
obs	0.1593	114829	98.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6851	0	0	391	7242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0142	6947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2848	9364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1156	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1267	4240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2612	154	0.2145	2944	X-RAY DIFFRACTION	80.11
1.72-1.74	0.2817	161	0.2083	3131	X-RAY DIFFRACTION	84.17
1.74-1.76	0.2439	136	0.1951	3290	X-RAY DIFFRACTION	88.21
1.76-1.78	0.2192	181	0.1845	3466	X-RAY DIFFRACTION	93.68
1.78-1.81	0.2269	203	0.1754	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.81-1.83	0.2148	179	0.1824	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.83-1.86	0.2167	201	0.1721	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.86-1.89	0.2096	202	0.1659	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.89-1.91	0.195	215	0.1666	3664	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.91-1.95	0.2093	203	0.1618	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.95-1.98	0.2046	211	0.1563	3682	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.98-2.02	0.1971	166	0.1581	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.02-2.05	0.2078	187	0.1594	3663	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.05-2.1	0.1825	201	0.1614	3760	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.1-2.14	0.1925	204	0.1639	3670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2058	195	0.1562	3720	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.19-2.25	0.1763	188	0.1505	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.31	0.1749	197	0.1508	3695	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.37	0.182	209	0.1573	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2062	198	0.1699	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.2059	226	0.1717	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.2055	182	0.1711	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.1934	165	0.1716	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.9	0.1892	209	0.1765	3697	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.9-3.09	0.1978	197	0.1778	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.32	0.195	230	0.1805	3653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.66	0.1908	186	0.1655	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.18	0.1421	223	0.1373	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-5.25	0.1459	192	0.121	3750	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.25-19.72	0.1605	218	0.1459	3774	X-RAY DIFFRACTION	99.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.04851316247	0.131958310611	-0.207760354101	0.628118182399	0.0175460604867	0.840368443318	0.00277216220599	0.180014588592	0.0136290019561	-0.119274490889	-0.00766796738468	0.0352601508655	-0.0336625790147	-0.0768212496545	-2.94307868107E-5	0.251903888965	0.015633036945	0.0164076804192	0.232231855858	-0.000460946925086	0.195862944766	13.047285352	-28.4391391567	-8.81483629939
2	1.28195354686	0.146869203556	0.186124569257	0.968405615638	0.101732973663	0.579323194185	-0.0204007605031	0.0169601553583	-0.253860363789	0.0628877675681	-0.00623615321785	-0.146308772202	0.214603916659	0.108299660171	1.43113369073E-5	0.316755653815	0.0341061289396	0.0362897254598	0.215595650607	0.0404845988222	0.313294425641	25.7103213457	-56.2308558962	7.12194127001
3	0.658305404477	-0.0435870670729	-0.0589559819608	0.689584174057	0.090206853546	0.467024437318	-0.0117570547583	0.0250430397533	-0.115336827676	-0.0415227615477	-0.0272057748558	0.0302656527177	0.100847436804	-0.045553917282	-2.66968014515E-5	0.268492742099	-0.000317201680832	0.019941707554	0.21736831555	-0.00135475272191	0.25502574331	9.55168624765	-45.3427710258	2.71995825959
4	0.409787403561	0.302924423609	-0.0582379090284	0.994749788375	-0.228999815791	0.81169610225	0.0591366402879	-0.0950425322814	0.051244059039	0.163554809018	-0.0350076526008	0.00311458430711	-0.0953664445516	-0.0291630228882	-7.82516231892E-6	0.229444925974	0.0152482983992	0.0129458863382	0.245255971685	0.0121625807776	0.215517629274	26.1303077955	-17.8290239691	17.3253254957
5	0.962432729877	0.463990937189	-0.147021784402	1.30660619195	0.421305274076	0.446404252799	0.0212908930716	-0.0358994570998	-0.28806113862	0.0717709429526	-0.0054716563325	-0.336826465838	0.194011236268	0.119779766354	0.000285638514974	0.265423846769	0.0504848516194	0.0489707941293	0.29482481771	0.0318443344255	0.382760066827	51.0800134811	-35.0092047453	1.13341812569
6	0.573915214869	0.0604023238594	0.127370736395	0.73725952483	0.103785809272	0.36136308352	-0.0196630805637	-0.0182788740727	-0.0145424946781	0.0138336145355	0.00170945258397	-0.14708133951	-0.00721930804829	0.0837216172934	-6.42869724026E-6	0.225817482276	0.0104736738004	0.0223826824296	0.269088769261	0.0143300798782	0.264547517025	43.0431704843	-17.219457562	5.68869920683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 155 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 156 through 305 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 306 through 454 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 156 through 305 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 306 through 454 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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