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万見
- PDB-7e2e: Crystal structure of the Estrogen-Related Receptor alpha (ERRalph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e2e
タイトルCrystal structure of the Estrogen-Related Receptor alpha (ERRalpha) ligand-binding domain (LBD) in complex with an agonist DS45500853 and a PGC-1alpha peptide
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Steroid hormone receptor ERR1
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Complex / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / response to starvation / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / response to starvation / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / intercellular bridge / energy homeostasis / digestion / steroid binding / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / fibrillar center / nuclear receptor activity / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / microtubule cytoskeleton / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HVO / IODIDE ION / Steroid hormone receptor ERR1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ito, S. / Shinozuka, T. / Kimura, T. / Izumi, M. / Wakabayashi, K.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Novel Class of ERR alpha Agonists.
著者: Shinozuka, T. / Ito, S. / Kimura, T. / Izumi, M. / Wakabayashi, K.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid hormone receptor ERR1
P: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
B: Steroid hormone receptor ERR1
Q: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2717
ポリマ－56,5754
非ポリマー6963
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.326, 71.326, 97.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12P
22Q

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A289 - 519
2112B289 - 519
1122P205 - 219
2122Q205 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, 0.000821, -0.000344), (0.000821, 1, -0.000389), (0.000344, -0.000389, -1)71.278648, -0.04136, 0.57061

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要素

#1: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR1 / Estrogen receptor-like 1 / Estrogen-related receptor alpha / ERR-alpha / Nuclear receptor subfamily ...Estrogen receptor-like 1 / Estrogen-related receptor alpha / ERR-alpha / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 1


分子量: 26894.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRA, ERR1, ESRL1, NR3B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11474
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1393.628 Da / 分子数: 2 / Mutation: C207A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-HVO / 1-[4-(3-tert-butyl-4-oxidanyl-phenoxy)phenyl]ethanone / 1-[4-(3-tert-Butyl-4-hydroxyphenoxy)phenyl]ethan-1-one


分子量: 284.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 18% (v/v) PEG 3350, 0.2 M NaI, 0.1 M HEPES (pH 7.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 13464 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 685

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XB7

1xb7


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 34.63 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3051 1381 10.3 %RANDOM
Rwork0.2501 ---
obs0.2558 12059 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.6 Å2 / Biso mean: 67.608 Å2 / Biso min: 30.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å2-0 Å20 Å2
2--2.66 Å2-0 Å2
3----5.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 43 7 3610
Biso mean--87.01 42.2 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2642.0174946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5255448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23823.816152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.47615660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3251528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212658
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A819MEDIUM POSITIONAL0.010.5
1A864TIGHT THERMAL1.250.5
1A819MEDIUM THERMAL1.462
2P49MEDIUM POSITIONAL0.010.5
2P48TIGHT THERMAL1.270.5
2P49MEDIUM THERMAL22
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 95 -
Rwork0.284 846 -
all-941 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin y: 66.878 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin z (Å)
12.9275-0.4729-0.10083.851-1.98093.13170.0647-0.270.15930.3744-0.10220.423-0.17650.03470.03760.1072-0.0301-0.05030.1379-0.08990.300423.5025.72
22.91340.4768-0.08754.00681.88823.02590.04950.25730.1485-0.3562-0.0791-0.4357-0.15710.02050.02970.09490.0377-0.04660.14580.07810.2947.833-5.163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A289 - 519
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B289 - 519
4X-RAY DIFFRACTION2B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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