PDB-7e24: Crystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+24

タイトル

Crystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase from Exiguobacterium

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mutant / short chain reductase

機能・相同性

short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Exiguobacterium acetylicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7203 Å

データ登録者

Chen, L. / Tang, J. / Yuan, S.

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2021
タイトル: Structure-guided evolution of a ketoreductase forefficient and stereoselective bioreduction of bulkyalpha-aminobeta-keto esters
著者: Tang, J. / Chen, L. / Zhang, L. / Ni, G. / Yu, J. / Wang, H. / Zhang, F. / Yuan, S. / Feng, M. / Che, S.

履歴

登録	2021年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e24.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e24.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e24_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e24_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7e24_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	7e24_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e28C 7e3xC 5t2uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e3x-d 7e24-2 1e03-2 4iyj-d 1dhr-1 3mga-1 1t1f-1 6r3r-d 2ov2-11 5e7i-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.332, 68.664, 114.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 27454.092 Da / 分子数: 4 変異: W82L,F88V, V121A, A138L, R142M, A190V, S193A, Y201F, N204A 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium acetylicum (バクテリア) 遺伝子: ker / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BDS0
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→34.08 Å / Num. obs: 30050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.11 Å² / CC_1/2: 0.949 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.72→2.79 Å / R_merge(I) obs: 0.534 / Num. unique obs: 2115 / CC_1/2: 0.712 / R_pim(I) all: 0.513

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5t2u

5t2u

解像度: 2.7203→17.2607 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2624	-	-	RANDOM
R_work	0.2081	-	-	-
obs	-	29220	98 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.56 Å² / B_iso mean: 29.838 Å² / B_iso min: 11.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7203→17.2607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7638	0	192	78	7908

LS精密化シェル

解像度: 2.7203→2.8435 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2841	-	-
R_work	0.252	3384	-
obs	-	-	93.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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