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万見
- PDB-7e24: Crystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+24
タイトルCrystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase from Exiguobacterium
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mutant / short chain reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium acetylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7203 Å
データ登録者Chen, L. / Tang, J. / Yuan, S.
引用ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2021
タイトル: Structure-guided evolution of a ketoreductase forefficient and stereoselective bioreduction of bulkyalpha-aminobeta-keto esters
著者: Tang, J. / Chen, L. / Zhang, L. / Ni, G. / Yu, J. / Wang, H. / Zhang, F. / Yuan, S. / Feng, M. / Che, S.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
C: Oxidoreductase
D: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7908
ポリマ－109,8164
非ポリマー2,9744
水1,40578
1
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3954
ポリマ－54,9082
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
C: Oxidoreductase
D: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3954
ポリマ－54,9082
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.332, 68.664, 114.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase


分子量: 27454.092 Da / 分子数: 4
変異: W82L,F88V, V121A, A138L, R142M, A190V, S193A, Y201F, N204A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium acetylicum (バクテリア)
遺伝子: ker / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BDS0
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→34.08 Å / Num. obs: 30050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.11 Å2 / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.534 / Num. unique obs: 2115 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.513

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5t2u

5t2u


解像度: 2.7203→17.2607 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 --RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs-29220 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 80.56 Å2 / Biso mean: 29.838 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7203→17.2607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7638 0 192 78 7908
LS精密化 シェル解像度: 2.7203→2.8435 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 --
Rwork0.252 3384 -
obs--93.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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