PDB-7e3x: Crystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e3x

タイトル

Crystal structure of SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase from exiguobacterium

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mutant / short chain reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Exiguobacterium sp. KKBO11 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Chen, L. / Tang, J. / Yuan, S. / Zhang, F. / Chen, S.

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2021
タイトル: Structure-guided evolution of a ketoreductase forefficient and stereoselective bioreduction of bulkyalpha-aminobeta-keto esters
著者: Tang, J. / Chen, L. / Zhang, L. / Ni, G. / Yu, J. / Wang, H. / Zhang, F. / Yuan, S. / Feng, M. / Che, S.

履歴

登録	2021年2月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e3x.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e3x.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e24C 7e28C 5t2uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e24-1 7e24-2 1e03-2 6r3r-d 4iyj-d 1dhr-1 6n4n-1 3g5q-d 6r3u-d 6wpx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.464, 71.167, 115.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 28159.857 Da / 分子数: 2 / 変異: F88V, V127I, A138L, R142M, A190V, S193A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium sp. KKBO11 (バクテリア) 遺伝子: AYO36_14830 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A177S9P4
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 17891 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.57 Å² / CC_1/2: 0.948 / Net I/σ(I): 1.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 821 / CC_1/2: 0.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5t2u

5t2u

解像度: 2.58→44.76 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	-	-
R_work	0.1917	-	-
obs	-	17845	97 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.02 Å² / B_iso mean: 28.0926 Å² / B_iso min: 12.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→44.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3830	0	96	48	3974

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.6693 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	-	-
R_work	0.24	1498	-
obs	-	-	84.46 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)