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- PDB-7e0l: Class III hybrid cluster protein (HCP) from Methanothermobacter m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0l
タイトルClass III hybrid cluster protein (HCP) from Methanothermobacter marburgensis
要素Hydroxylamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hybrid cluster / iron-sulfur cluster / rubredoxin / METAL BINDING PROTEIN / hydroxylamine reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Prismane-like superfamily / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE-S-O HYBRID CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K14510 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Class III hybrid cluster protein homodimeric architecture shows evolutionary relationship with Ni, Fe-carbon monoxide dehydrogenases
著者: Fujishiro, T. / Takaoka, K.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年10月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.d_resolution_low / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_scaling_rejects / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_measured_obs / _reflns_shell.number_possible / _software.name / _software.version / _struct.title / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet.number_strands / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Polymer geometry
詳細: Conformations such as rotamers have been improved by re-refinement with several cycles, as per request from a reviewer in the manuscript revision.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxylamine reductase
B: Hydroxylamine reductase
K: Hydroxylamine reductase
M: Hydroxylamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,85016
ポリマ－225,8784
非ポリマー2,97212
水72140
1
A: Hydroxylamine reductase
B: Hydroxylamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4258
ポリマ－112,9392
非ポリマー1,4866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
2
K: Hydroxylamine reductase
M: Hydroxylamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4258
ポリマ－112,9392
非ポリマー1,4866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area36260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.950, 67.950, 469.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Hydroxylamine reductase / Hybrid-cluster protein / HCP / Prismane protein


分子量: 56469.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
株: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg
遺伝子: hcp, MTBMA_c00390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: D9PYV4, hydroxylamine reductase
#2: 化合物
ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER


分子量: 335.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 % (w/v) Polyethylene glycol 4000, 100 mM Tris-HCl, 200 mM Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.73937 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→48.05 Å / Num. obs: 50758 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.401 % / Biso Wilson estimate: 63.225 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.82-2.9211.8550.9532.250170.7340.996100
2.92-3.112.2250.6713.1875520.8610.7100
3.1-3.512.1490.45.63115920.9440.418100
3.5-412.2910.25110.4188280.9750.262100
4-4.513.4760.17216.0652420.9850.179100
4.5-612.6970.15317.1272450.9890.159100
6-1012.1720.11318.7441440.9950.117100
10-48.0513.4020.08821.8611380.9820.09298.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W9M

1w9m


解像度: 2.82→48.05 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 2554 5.03 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.2353 50757 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15241 0 72 40 15353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83421313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6465805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-2.870.34231490.33762606X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.930.33261430.31272707X-RAY DIFFRACTION100
2.93-30.36291400.30622666X-RAY DIFFRACTION100
3-3.070.29391460.28342685X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.140.30391390.29182646X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.230.32631550.28372716X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.320.29161370.2792647X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.430.30211480.29222700X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.550.29131410.27152685X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.690.25761430.26042665X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.860.28841230.24342670X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.070.28321380.2312675X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.320.2411290.20812712X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.650.24131340.20042677X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.120.22481460.20292692X-RAY DIFFRACTION100
5.12-5.860.2131540.21672665X-RAY DIFFRACTION100
5.86-7.370.24511330.21162724X-RAY DIFFRACTION100
7.38-48.050.21941560.19032665X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01220.05810.03990.1393-0.15980.0095-0.0018-0.0570.0826-0.06280.0108-0.22470.08450.0922-00.60460.092-0.13810.30660.03190.5111-34.7213-2.5769-3.0082
2-0.02880.24910.12540.40370.01860.28330.02440.02140.06070.01870.0418-0.14470.1282-0.050800.50450.1587-0.1370.3607-0.07460.4378-20.149336.871313.4004
30.02840.0222-0.0101-0.0127-0.0041-0.0039-0.05480.13290.11260.0460.06790.08240.0464-0.0701-01.20210.4149-0.45912.59930.2212.6834-33.264111.275434.9104
40.0219-0.03440.04080.09880.08330.039-0.7397-0.5830.1632-0.4110.33980.20670.51220.2498-00.68210.2304-0.03190.67180.07270.4078-34.514415.097220.1552
50.4628-0.0746-0.1086-0.06760.09480.1631-0.06630.00550.00840.02710.0623-0.00650.02060.000700.46710.0079-0.07780.1999-0.00330.3945-42.578421.5514-20.3759
60.26430.0914-0.07460.11580.16370.09210.025-0.04910.0114-0.05290.01430.09280.1508-0.017400.5540.0275-0.03580.27390.03390.3773-57.237321.7457-7.0784
7-0.0247-0.0328-0.02510.10310.037-0.01540.11160.04660.0358-0.0162-0.01990.0943-0.067-0.029-00.35870.1064-0.03470.6540.10670.4261-36.4003-2.169368.6888
80.0646-0.18330.0429-0.03480.07280.04490.1142-0.12870.1086-0.089-0.0329-0.055-0.01540.023100.4290.09390.05770.50910.11610.46025.59585.484153.8474
90.0624-0.04360.02750.0280.03650.0205-0.24370.1738-0.47110.21930.2855-0.1797-0.2699-0.016300.55210.09620.05360.75390.00790.583210.2779-4.151340.6701
100.0864-0.1065-0.11910.05780.04350.02360.16560.11050.0875-0.2402-0.1111-0.4084-0.009-0.020100.66540.14560.06690.68510.19270.70713.808326.156144.8877
11-0.07980.2290.0426-0.0081-0.11770.13130.30460.0630.299-0.081-0.3547-0.0291-0.0331-0.070600.38490.11420.04810.57350.20520.4188-6.155823.565756.1284
120.0008-0.01210.00250.02030.00030.01310.24090.1735-0.1584-0.10080.0872-0.1642-0.1243-0.041901.32260.4801-0.41491.5888-0.28471.1755-20.1571-1.434831.2223
130.0299-0.01650.01350.0018-0.02630.03580.1569-0.1518-0.1538-0.21660.0867-0.04960.3347-0.176600.53150.1111-0.06050.74870.10060.5781-17.8302-0.755250.2094
14-0.18650.0823-0.02760.4329-0.1360.48430.00790.02550.0340.0145-0.02110.02030.03290.0422-00.25990.00370.00290.47960.07180.3525-11.1381-3.582584.3361
150.1870.02330.0610.12710.3110.4340.0552-0.0654-0.0794-0.08410.08070.0199-0.0251-0.024100.2404-0.0042-0.03620.48560.07560.3992-13.2868-26.311483.6315
160.09430.0580.0127-0.0049-0.05140.11710.0161-0.28670.1932-0.37640.00460.27320.0580.090100.35640.086-0.02080.63190.06310.3772-15.6757-23.729567.558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 491 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 32 through 88 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 89 through 399 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 400 through 493 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'K' and (resid 1 through 88 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'K' and (resid 89 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'K' and (resid 267 through 318 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'K' and (resid 319 through 399 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 400 through 493 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'M' and (resid 2 through 50 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 51 through 88 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'M' and (resid 89 through 318 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'M' and (resid 319 through 434 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resid 435 through 493 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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