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- PDB-7e0l: Class III hybrid cluster protein (HCP) from Methanothermobacter m... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e0l | |||||||||
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Title | Class III hybrid cluster protein (HCP) from Methanothermobacter marburgensis | |||||||||
![]() | Hydroxylamine reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Hybrid cluster / iron-sulfur cluster / rubredoxin / METAL BINDING PROTEIN / hydroxylamine reductase | |||||||||
Function / homology | ![]() hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fujishiro, T. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Class III hybrid cluster protein homodimeric architecture shows evolutionary relationship with Ni, Fe-carbon monoxide dehydrogenases Authors: Fujishiro, T. / Takaoka, K. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 753.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 626.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1w9mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 56469.410 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg Gene: hcp, MTBMA_c00390 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FS2 / #3: Chemical | ChemComp-SF4 / #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30 % (w/v) Polyethylene glycol 4000, 100 mM Tris-HCl, 200 mM Sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.73937 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.82→48.05 Å / Num. obs: 50758 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.401 % / Biso Wilson estimate: 63.225 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 9.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1W9M Resolution: 2.82→48.05 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 29.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→48.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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