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万見
- PDB-7dzm: Crystal Structure of the cross-restricted T18A TCR and HLAB8101 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dzm
タイトルCrystal Structure of the cross-restricted T18A TCR and HLAB8101 bound to HIV-1 Gag TL9 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Gag-Pol polyprotein
  • MHC class I antigen
  • alpha chain T18A TCR
  • beta chain T18A TCR
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR and p-MHC complex / HIV epitope TL9
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / DNA integration / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / recycling endosome membrane / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / RNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / sensory perception of smell / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / DNA recombination / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Gag-Pol polyprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Liu, Y. / Yin, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870728 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470738 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Cross-reactive TCR with alloreactivity for immunodominant HIV-1 epitope Gag TL9 with enhanced control of viral infection
著者: Liu, Y. / San, D. / Yin, L.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Gag-Pol polyprotein
D: beta chain T18A TCR
E: alpha chain T18A TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2555
ポリマ－95,2555
非ポリマー00
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area38340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)93.098, 93.098, 263.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC class I histocompatibility antigen / B-81 alpha chain / MHC class I protein


分子量: 32071.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I3ZN85
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 beta chain T18A TCR


分子量: 27263.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質 alpha chain T18A TCR


分子量: 23008.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 424分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Gag-Pol polyprotein


分子量: 1032.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03367
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.55 Å / Num. obs: 56526 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03414 / Rrim(I) all: 0.04828 / Net I/σ(I): 15.84
反射 シェル解像度: 2.242→2.322 Å / Rmerge(I) obs: 0.3732 / Num. unique obs: 5547 / CC1/2: 0.865 / CC star: 0.963 / Rrim(I) all: 0.5277

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u1i, 4GG6, 4UDT

4u1i

4gg6

4udt


解像度: 2.25→46.55 Å / SU ML: 0.3044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6803
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1999 3.54 %
Rwork0.1958 54500 -
obs0.1974 56499 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6656 0 0 423 7079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00626827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82199277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6188915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.30.38511390.30213816X-RAY DIFFRACTION99.57
2.3-2.360.32871400.28133808X-RAY DIFFRACTION99.77
2.36-2.430.32851410.25323826X-RAY DIFFRACTION99.85
2.43-2.510.28271410.23573837X-RAY DIFFRACTION99.9
2.51-2.60.2971400.2273847X-RAY DIFFRACTION99.9
2.6-2.70.25081410.22533831X-RAY DIFFRACTION99.95
2.7-2.820.27031420.21993856X-RAY DIFFRACTION99.85
2.82-2.970.28241400.22153842X-RAY DIFFRACTION99.77
2.97-3.160.2661430.19943875X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.25841420.19673878X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.750.24761440.18543921X-RAY DIFFRACTION99.95
3.75-4.290.20951440.16743934X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.16921470.15254002X-RAY DIFFRACTION99.93
5.4-46.550.22041550.18564227X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.5675649105 Å / Origin y: 97.3127616472 Å / Origin z: 4.73058954554 Å
111213212223313233
T0.224071245512 Å20.0287864493352 Å2-0.019237730323 Å2-0.265607026154 Å2-0.012518499615 Å2--0.268377028593 Å2
L0.180502557195 °20.0350837719473 °20.00543369170469 °2-0.534743180333 °20.585629237171 °2--1.02690140256 °2
S0.0252183646964 Å °-0.0152143113806 Å °-0.00575302077561 Å °0.0532239486426 Å °0.0976028190521 Å °-0.122295500322 Å °0.139144195569 Å °0.144566397282 Å °-0.102712659709 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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