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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dz1 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 1-benzyl-5-methyl-1H-imidazole-2-carboxylic acid | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yan, Y.-H. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-guided optimization of 1H-imidazole-2-carboxylic acid derivatives affording potent VIM-Type metallo-beta-lactamase inhibitors. 著者: Yan, Y.H. / Li, W. / Chen, W. / Li, C. / Zhu, K.R. / Deng, J. / Dai, Q.Q. / Yang, L.L. / Wang, Z. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7du1C ![]() 7dubC ![]() 7dueC ![]() 7duxC ![]() 7duyC ![]() 7duzC ![]() 7dv0C ![]() 7dv1C ![]() 7dyyC ![]() 7dyzC ![]() 7dz0C ![]() 5lcaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24679.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.708→55.65 Å / Num. obs: 11329 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.424 / Rpim(I) all: 0.176 / Rrim(I) all: 0.46 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.708→2.755 Å / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 541 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 1.246 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LCA 解像度: 2.708→55.65 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.99 Å2 / Biso mean: 12.3819 Å2 / Biso min: 0.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.708→55.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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