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- PDB-7dy7: Discovery of Novel Small-molecule Inhibitors of PD-1/PD-L1 Axis t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dy7
タイトルDiscovery of Novel Small-molecule Inhibitors of PD-1/PD-L1 Axis that Promotes PD-L1 Internalization and Degradation
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Immune checkpoint / Inhibitor / Complex / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HOU / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Cheng, Y. / Wang, T.Y. / Lu, M.L. / Jiang, S. / Xiao, Y.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Inhibitors of the PD-1/PD-L1 Axis That Promote PD-L1 Internalization and Degradation.
著者: Wang, T. / Cai, S. / Cheng, Y. / Zhang, W. / Wang, M. / Sun, H. / Guo, B. / Li, Z. / Xiao, Y. / Jiang, S.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Programmed cell death 1 ligand 1
A: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2053
ポリマ－28,8052
非ポリマー4001
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.570, 32.682, 73.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 18 - 143 / Label seq-ID: 1 - 126

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain BBA

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14402.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-HOU / 2-[[3-[[5-(2-methyl-3-phenyl-phenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]amino]phenyl]methylamino]ethanol


分子量: 400.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350,ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→23.472 Å / Num. obs: 22861 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1144 / Rrim(I) all: 0.1253 / Net I/σ(I): 9.83
反射 シェル解像度: 2.42→2.506 Å / Num. unique obs: 1230 / CC1/2: 0.701 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C3T

5c3t


解像度: 2.42→23.472 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 953 4.17 %
Rwork0.1964 21908 -
obs0.1982 22861 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.37 Å2 / Biso mean: 78.6091 Å2 / Biso min: 42.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→23.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 54 4 2082
Biso mean--80.22 72.22 -
残基数----252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.932844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5281253
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1135X-RAY DIFFRACTION19.211TORSIONAL
12B1135X-RAY DIFFRACTION19.211TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.42-2.54750.46721380.4213315499
2.5475-2.70690.38011360.3601316098
2.7069-2.91550.31981340.2736310099
2.9155-3.20820.26141430.2505319399
3.2082-3.6710.3071410.2203306697
3.671-4.61920.19531360.1679313299
4.6192-23.4720.17691250.1391310398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 139.7685 Å / Origin y: -8.37 Å / Origin z: 24.0775 Å
111213212223313233
T0.6129 Å2-0.053 Å2-0.0387 Å2-0.4743 Å2-0.0138 Å2--0.5474 Å2
L1.4038 °2-0.2913 °2-0.4504 °2-1.1927 °20.3105 °2--3.5959 °2
S0.0748 Å °-0.1176 Å °0.1132 Å °-0.0768 Å °0.0269 Å °-0.1527 Å °-0.0519 Å °0.3301 Å °-0.1126 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB18 - 143
2X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 143
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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