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- PDB-7dws: The structure of T4 Lysozyme I3C/C54T/R125C/E128C complex with Zi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dws
タイトルThe structure of T4 Lysozyme I3C/C54T/R125C/E128C complex with Zinc ions
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / muramidase / enzyme / mutant / metal ion / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, X. / Chen, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81902199 中国
引用ジャーナル: Biomaterials / 年: 2021
タイトル: Rationally designed protein cross-linked hydrogel for bone regeneration via synergistic release of magnesium and zinc ions.
著者: Chen, X. / Tan, B. / Wang, S. / Tang, R. / Bao, Z. / Chen, G. / Chen, S. / Tang, W. / Wang, Z. / Long, C. / Lu, W.W. / Yang, D. / Bian, L. / Peng, S.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7517
ポリマ－58,4893
非ポリマー2624
水1629
1
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5622
ポリマ－19,4961
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
2
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6273
ポリマ－19,4961
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
3
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5622
ポリマ－19,4961
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.861, 102.861, 244.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-305-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resseq 0 or (resid 1 and (name...
21(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSER(chain C and (resseq 0 or (resid 1 and (name...CC05
12METMETMETMET(chain C and (resseq 0 or (resid 1 and (name...CC16
13SERSERLYSLYS(chain C and (resseq 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 1625 - 167
14SERSERLYSLYS(chain C and (resseq 0 or (resid 1 and (name...CC0 - 1625 - 167
21SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB0 - 125 - 17
22LEULEULEULEU(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB1318
23GLYGLYTYRTYR(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB-1 - 1614 - 166
24GLYGLYTYRTYR(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB-1 - 1614 - 166
25GLYGLYTYRTYR(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB-1 - 1614 - 166
26GLYGLYTYRTYR(chain B and (resseq 0:12 or (resid 13 and (name...BB-1 - 1614 - 166

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要素

#1: タンパク質 Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 19496.316 Da / 分子数: 3 / 変異: I3C,C54T,R125C,E128C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.01 mM CoCl2, 0.1 M MES, pH 6.2, 2.2 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.865 Å / Num. obs: 16874 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 74.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.951.90.153504426150.9380.1530.2173.796.4
8.85-19.861.80.0328254530.9950.0320.04623.172.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SB5

3sb5


解像度: 2.8→19.86 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.41 / 位相誤差: 41.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 1590 9.45 %
Rwork0.3301 15228 -
obs0.3316 16818 85.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.48 Å2 / Biso mean: 99.6258 Å2 / Biso min: 68.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2970 0 4 12 2986
Biso mean--83.92 85.05 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8234096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1521774
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C810X-RAY DIFFRACTION10.588TORSIONAL
12B810X-RAY DIFFRACTION10.588TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.89020.44511550.3782145293
2.8902-2.99310.4011410.3571146893
2.9931-3.11260.4061490.3944147393
3.1126-3.25360.39871580.3488141090
3.2536-3.42430.41911480.387143090
3.4243-3.63770.44391410.4063142789
3.6377-3.91660.42071530.3602136987
3.9166-4.30710.36951390.3152136184
4.3071-4.9220.3191580.2918129281
4.922-6.17020.34451210.3445129577
6.1702-19.860.2441270.244125170
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.2088 Å / Origin y: 22.9309 Å / Origin z: -29.5737 Å
111213212223313233
T1.6612 Å2-0.9314 Å20.0401 Å2-0.4577 Å20.0509 Å2--0.6704 Å2
L0.1492 °2-0.4342 °20.0458 °2-0.5559 °2-0.2702 °2--0.2859 °2
S-0.1133 Å °-0.0311 Å °0.1595 Å °0.1995 Å °0.1584 Å °-0.1455 Å °-0.1257 Å °0.2949 Å °0.412 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 161
3X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 162
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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