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- PDB-7dwn: Crystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA rev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwn
タイトルCrystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA reveals the transcriptional activation mechanism of LTTR family members
要素Predicted DNA-binding transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional regulators / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted DNA-binding transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Aliivibrio fischeri ES114 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Wang, W.W. / Wu, H. / He, J.H. / Yu, F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971121 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138047 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932130 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure details of Vibrio fischeri DarR and mutant DarR-M202I from LTTR family reveals their activation mechanism.
著者: Wang, W. / Wu, H. / Xiao, Q. / Zhou, H. / Li, M. / Xu, Q. / Wang, Q. / Yu, F. / He, J.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
B: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
C: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
D: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8528
ポリマ－131,0714
非ポリマー7814
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14870 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area52610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.688, 77.456, 86.797
Angle α, β, γ (deg.)74.460, 78.160, 89.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Predicted DNA-binding transcriptional regulator


分子量: 32767.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri ES114 (バクテリア)
株: ES114 / 遺伝子: yjiE, VF_1545 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5E4K6
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium chloride 0.1M MES pH6.0 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→48.82 Å / Num. obs: 52682 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.31 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 185387 / Scaling rejects: 100
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.32-2.393.50.6441608345690.7410.4040.7632.297.8
9.57-48.823.30.0624577490.9920.0390.07214.496.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YDW

5ydw


解像度: 2.32→25.235 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 2529 4.81 %
Rwork0.2279 50068 -
obs0.2301 52597 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.48 Å2 / Biso mean: 57.6375 Å2 / Biso min: 16.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→25.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9180 0 48 172 9400
Biso mean--75.12 49.21 -
残基数----1168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.32-2.36460.40941420.3201279398
2.3646-2.41280.39211430.3176277197
2.4128-2.46520.35911500.29275299
2.4652-2.52250.34121320.2901279197
2.5225-2.58560.34541530.2889276698
2.5856-2.65540.36021430.2744279698
2.6554-2.73340.33011240.2696275997
2.7334-2.82160.34411430.2562280298
2.8216-2.92230.32971580.2513274298
2.9223-3.03910.31741400.2563281698
3.0391-3.17710.28161320.2451280298
3.1771-3.34430.25221540.2353280698
3.3443-3.55330.26531250.2267279998
3.5533-3.82680.29121460.2099277898
3.8268-4.21030.20841400.1981275196
4.2103-4.81580.21411410.1788277398
4.8158-6.05360.261390.2121277798
6.0536-25.2350.23081240.2024279497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89780.005-0.24680.48840.03270.36960.23840.14730.19310.2189-0.01780.55960.1072-0.14620.01410.54810.0414-0.02580.3253-0.05650.5476-7.49594.6327-22.1314
23.47990.39920.74130.0253-0.20780.04160.054-0.2717-0.2338-0.1301-0.0651-0.0076-0.1492-0.09390.02440.1743-0.00670.01260.23750.04850.197312.3483-40.0336-2.4708
31.20560.1198-0.12950.9448-0.41310.26520.058-0.1836-0.0314-0.1365-0.2077-0.20560.1560.3317-0.04790.38090.0209-0.00630.26120.04670.321113.4909-44.9378-40.7954
42.263-0.0374-0.07630.2684-0.02830.754-0.1073-0.10090.3541-0.07070.0179-0.0564-0.0157-0.0616-0.01230.1687-0.004-0.00250.2004-0.03890.2656-7.0536-31.72210.8025
51.00450.4457-0.40531.1155-0.38370.39680.18710.31720.21060.002-0.01090.5481-0.0294-0.33080.07460.42870.0143-0.0130.3664-0.02250.3058-7.8863-49.7561-34.0318
61.86140.19150.53310.4028-0.34920.561-0.0775-0.03230.49450.05760.0026-0.02030.06620.08620.00180.1717-0.03330.04860.22370.04630.311912.6299-5.4526-53.6071
70.8258-0.0948-0.43770.20030.20780.3223-0.12290.21770.22610.4682-0.1817-0.2935-0.05980.1733-0.03610.66810.0224-0.210.39220.04510.570713.8959-0.3708-15.6112
80.9143-0.29640.6580.1028-0.08450.5072-0.0195-0.01270.15480.0971-0.0494-0.1772-0.0552-0.0496-0.00460.2041-0.0018-0.00030.20140.00250.2937-8.3452-8.5115-52.2951
90.6027-0.05120.03440.4440.27010.5977-0.12450.2049-0.4367-0.02560.2110.0476-0.04860.21210.01210.22480.0012-0.01430.3210.03110.3738-0.7855-22.4074-65.233
100.24990.07350.2203-0.0780.0830.0995-0.095-0.01390.06050.0770.2484-0.09720.05720.0047-0.00010.24950.0526-0.02750.34820.00770.4015-16.6954-6.0437-48.2921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 83 )A1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 292 )A84 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 89 )B1 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 90 through 292 )B90 - 292
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 83 )C1 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 84 through 292 )C84 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 89 )D1 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 90 through 184 )D90 - 184
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 185 through 263 )D185 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 264 through 292 )D264 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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