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Yorodumi- PDB-7dwo: Crystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA rev... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dwo | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA reveals the transcriptional activation mechanism of LTTR family members | ||||||||||||
Components | Predicted DNA-binding transcriptional regulator | ||||||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / transcriptional regulators / tetramer | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Aliivibrio fischeri ES114 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.611 Å | ||||||||||||
Authors | Wang, W.W. / Wu, H. / He, J.H. / Yu, F. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2021 Title: Crystal structure details of Vibrio fischeri DarR and mutant DarR-M202I from LTTR family reveals their activation mechanism. Authors: Wang, W. / Wu, H. / Xiao, Q. / Zhou, H. / Li, M. / Xu, Q. / Wang, Q. / Yu, F. / He, J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dwo.cif.gz | 243.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dwo.ent.gz | 197 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dwo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dwo_validation.pdf.gz | 436.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7dwo_full_validation.pdf.gz | 443.6 KB | Display | |
Data in XML | 7dwo_validation.xml.gz | 21.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7dwo_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dwo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7dwnC 5ydwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32749.617 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: M202I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aliivibrio fischeri ES114 (bacteria) / Strain: ES114 / Gene: yjiE, VF_1545 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5E4K6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.5M sodium chloride, 0.1M MES pH6.0, 20%PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.61→29.89 Å / Num. obs: 22031 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 55.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 276628 / Scaling rejects: 638 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YDW Resolution: 2.611→29.56 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.92 Å2 / Biso mean: 65.0933 Å2 / Biso min: 25.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.611→29.56 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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