[日本語] English
万見
- PDB-7dvq: Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvq
タイトルCryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex)
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 2
  • (Serine/arginine repetitive matrix protein ...) x 2
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 6
  • (U5 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Armadillo repeat-containing protein 7
  • BUD13 homolog
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Crooked neck-like protein 1
  • Cysteine-rich PDZ-binding protein
  • G-patch domain and KOW motifs-containing protein
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CWC27 homolog
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • RING finger protein 113A
  • RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2
  • RNA-binding motif protein, X-linked 2
  • RNA-binding protein 48
  • SNW domain-containing protein 1
  • Smad nuclear-interacting protein 1
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Sodium channel modifier 1
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • U12 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6atac snRNA
  • pre-mRNA
キーワードSPLICING / spliceosome / minor spliceosome / Bact complex / human spliceosome / PPIL2 / SCNM1 / RBM48-ARMC7 complex / U12-type intron / U6atac snRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RES complex / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / protein localization to microtubule / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding ...RES complex / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / protein localization to microtubule / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / alternative mRNA splicing, via spliceosome / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / regulation of postsynaptic density assembly / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / B-WICH complex / miRNA processing / nuclear retinoic acid receptor binding / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / methylosome / blastocyst formation / pICln-Sm protein complex / C2H2 zinc finger domain binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 1 spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / positive regulation by host of viral transcription / spliceosomal tri-snRNP complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / U2-type precatalytic spliceosome / nuclear vitamin D receptor binding / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Notch binding / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2-type catalytic step 2 spliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / SAGA complex / U4 snRNP / RHOBTB1 GTPase cycle / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2 snRNP / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / Basigin interactions / U2-type prespliceosome / positive regulation of neurogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / nuclear androgen receptor binding / precatalytic spliceosome / Notch-HLH transcription pathway / pattern recognition receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / SMAD binding / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNA binding / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein localization to nucleus / U5 snRNP / postsynaptic density, intracellular component / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / RNA processing / pre-mRNA intronic binding / regulation of DNA repair / spliceosomal snRNP assembly / RHOBTB2 GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
RBM48, RNA recognition motif / RNA-binding protein 48 / Armadillo repeat-containing protein 7 / PWI domain / Sodium channel modifier 1, zinc-finger / Sodium channel modifier 1, acidic C-terminal domain / Sodium channel modifier 1 / Zinc-finger of sodium channel modifier 1 / Acidic C-terminal region of sodium channel modifier 1 SCNM1 / PWI domain ...RBM48, RNA recognition motif / RNA-binding protein 48 / Armadillo repeat-containing protein 7 / PWI domain / Sodium channel modifier 1, zinc-finger / Sodium channel modifier 1, acidic C-terminal domain / Sodium channel modifier 1 / Zinc-finger of sodium channel modifier 1 / Acidic C-terminal region of sodium channel modifier 1 SCNM1 / PWI domain / G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 1 / G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 2 / PDZ-binding protein, CRIPT / Microtubule-associated protein CRIPT / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2, U-box domain / : / Spp2/MOS2, G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor Spp2-like / G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / : / SF3B6, RNA recognition motif / : / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / SF3B4, RNA recognition motif 2 / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / : / : / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / G-patch domain profile. / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / G-patch domain / Splicing factor 3B, subunit 5 / glycine rich nucleic binding domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / PHF5-like / PHF5-like protein / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / PSP, proline-rich / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / : / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Myb-like DNA-binding domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Sec63 Brl domain / SAP domain / : / zinc finger / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G5J / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...Chem-G5J / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / RNA-binding protein 48 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Spliceosome-associated protein CWC27 homolog / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / Smad nuclear-interacting protein 1 / G-patch domain and KOW motifs-containing protein / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / BUD13 homolog / Sodium channel modifier 1 / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Armadillo repeat-containing protein 7 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Cysteine-rich PDZ-binding protein / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / RNA-binding motif protein, X-linked 2 / Splicing factor 3B subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Bai, R. / Wan, R. / Wang, L. / Xu, K. / Zhang, Q. / Lei, J. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure of the activated human minor spliceosome.
著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Lin Wang / Kui Xu / Qiangfeng Zhang / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The minor spliceosome mediates splicing of the rare but essential U12-type precursor messenger RNA. Here, we report the atomic features of the activated human minor spliceosome determined by cryo- ...The minor spliceosome mediates splicing of the rare but essential U12-type precursor messenger RNA. Here, we report the atomic features of the activated human minor spliceosome determined by cryo-electron microscopy at 2.9-angstrom resolution. The 5' splice site and branch point sequence of the U12-type intron are recognized by the U6atac and U12 small nuclear RNAs (snRNAs), respectively. Five newly identified proteins stabilize the conformation of the catalytic center: The zinc finger protein SCNM1 functionally mimics the SF3a complex of the major spliceosome, the RBM48-ARMC7 complex binds the γ-monomethyl phosphate cap at the 5' end of U6atac snRNA, the U-box protein PPIL2 coordinates loop I of U5 snRNA and stabilizes U5 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), and CRIPT stabilizes U12 snRNP. Our study provides a framework for the mechanistic understanding of the function of the human minor spliceosome.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30875
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30875
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: U5 snRNA
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
F: U6atac snRNA
G: pre-mRNA
H: U12 snRNA
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
i: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
k: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
m: Small nuclear ribonucleoprotein F
l: Small nuclear ribonucleoprotein E
n: Small nuclear ribonucleoprotein G
v: Sodium channel modifier 1
1: Splicing factor 3B subunit 1
2: Splicing factor 3B subunit 2
3: Splicing factor 3B subunit 3
4: Splicing factor 3B subunit 4
5: Splicing factor 3B subunit 6
6: PHD finger-like domain-containing protein 5A
7: Splicing factor 3B subunit 5
L: Cell division cycle 5-like protein
J: Crooked neck-like protein 1
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
R: SNW domain-containing protein 1
T: Pleiotropic regulator 1
X: Smad nuclear-interacting protein 1
Y: RNA-binding motif protein, X-linked 2
Z: BUD13 homolog
9: RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2
z: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CWC27 homolog
x: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
y: G-patch domain and KOW motifs-containing protein
M: RING finger protein 113A
U: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
V: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
8: Serine/arginine repetitive matrix protein 1
0: Cysteine-rich PDZ-binding protein
I: RNA-binding protein 48
K: Armadillo repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,918,37666
ポリマ－2,915,99849
非ポリマー2,37817
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 20種, 21分子 ACbiv6LJPRTXYZ9zyM0IK

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#3: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#7: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#16: タンパク質 Sodium channel modifier 1


分子量: 25993.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWG6
#22: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#24: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#25: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#26: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#27: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61610.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#28: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#29: タンパク質 Smad nuclear-interacting protein 1 / FHA domain-containing protein SNIP1


分子量: 45880.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAD8
#30: タンパク質 RNA-binding motif protein, X-linked 2


分子量: 37425.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y388
#31: タンパク質 BUD13 homolog


分子量: 70669.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRD0
#32: タンパク質 RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 / CYC4 / Cyclophilin-60 / Cyclophilin-like protein Cyp-60 / Cyp60 / hCyP-60 / Probable inactive ...CYC4 / Cyclophilin-60 / Cyclophilin-like protein Cyp-60 / Cyp60 / hCyP-60 / Probable inactive peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 2 / PPIase / Rotamase PPIL2


分子量: 58910.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13356, RING-type E3 ubiquitin transferase
#33: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CWC27 homolog / PPIase CWC27 / Antigen NY-CO-10 / Serologically defined colon cancer antigen 10


分子量: 53941.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UX04, peptidylprolyl isomerase
#35: タンパク質 G-patch domain and KOW motifs-containing protein / G-patch domain-containing protein 5 / Protein MOS2 homolog / Protein T54


分子量: 52299.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92917
#36: タンパク質 RING finger protein 113A / Zinc finger protein 183


分子量: 38847.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15541
#40: タンパク質 Cysteine-rich PDZ-binding protein / Cysteine-rich interactor of PDZ three / Cysteine-rich interactor of PDZ3


分子量: 11239.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P021
#41: タンパク質 RNA-binding protein 48


分子量: 41878.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5RL73
#42: タンパク質 Armadillo repeat-containing protein 7


分子量: 21946.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H6L4

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BFGH

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#13: RNA鎖 U6atac snRNA


分子量: 39876.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 187960111
#14: RNA鎖 pre-mRNA


分子量: 44322.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#15: RNA鎖 U12 snRNA


分子量: 48353.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 951206

-
U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#5: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 ahcjdkfmelgn

#6: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#8: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308

-
Splicing factor 3B subunit ... , 6種, 6分子 123457

#17: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146104.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#18: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145 / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#19: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135798.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#20: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#21: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 6 / Pre-mRNA branch site protein p14 / SF3b 14 kDa subunit / SF3B14a / Spliceosome-associated protein / ...Pre-mRNA branch site protein p14 / SF3b 14 kDa subunit / SF3B14a / Spliceosome-associated protein / 14-kDa / Splicing factor 3b / subunit 6 / 14kDa


分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B4
#23: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 2種, 2分子 xV

#34: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / ATP-dependent RNA helicase #3 / DEAH-box protein 16


分子量: 119443.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60231, RNA helicase
#38: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Nucampholin homolog / fSAPb


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8

-
Serine/arginine repetitive matrix protein ... , 2種, 2分子 U8

#37: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / 300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix ...300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Splicing coactivator subunit SRm300 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 803 / TaxREB803


分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#39: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / SR-related nuclear matrix protein of 160 kDa / SRm160 / Ser/Arg-related nuclear matrix protein


分子量: 102600.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IYB3

-
非ポリマー , 7種, 20分子

#43: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#45: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#47: 化合物 ChemComp-G5J / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine / グアノシン5′-三りん酸Oγ-メチル


分子量: 537.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: the activated human minor spliceosome (human minor Bact complex)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12, #14-#42 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101443 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る