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Structure paper

タイトルStructure of the activated human minor spliceosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6535, Year 2021
掲載日2021年3月19日
著者Rui Bai / Ruixue Wan / Lin Wang / Kui Xu / Qiangfeng Zhang / Jianlin Lei / Yigong Shi /
PubMed 要旨The minor spliceosome mediates splicing of the rare but essential U12-type precursor messenger RNA. Here, we report the atomic features of the activated human minor spliceosome determined by cryo- ...The minor spliceosome mediates splicing of the rare but essential U12-type precursor messenger RNA. Here, we report the atomic features of the activated human minor spliceosome determined by cryo-electron microscopy at 2.9-angstrom resolution. The 5' splice site and branch point sequence of the U12-type intron are recognized by the U6atac and U12 small nuclear RNAs (snRNAs), respectively. Five newly identified proteins stabilize the conformation of the catalytic center: The zinc finger protein SCNM1 functionally mimics the SF3a complex of the major spliceosome, the RBM48-ARMC7 complex binds the γ-monomethyl phosphate cap at the 5' end of U6atac snRNA, the U-box protein PPIL2 coordinates loop I of U5 snRNA and stabilizes U5 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), and CRIPT stabilizes U12 snRNP. Our study provides a framework for the mechanistic understanding of the function of the human minor spliceosome.
リンクScience / PubMed:33509932
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.24 Å
構造データ

30875

7dvq

EMDB-30875, PDB-7dvq:
Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-30878:
Focused refinement map of SF3B region of the activated human minor spliceosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-30879:
focused refinement map for the RBM48/ARMC7 region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-G5J:
5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSPLICING / spliceosome / minor spliceosome / Bact complex / human spliceosome / PPIL2 / SCNM1 / RBM48-ARMC7 complex / U12-type intron / U6atac snRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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