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- PDB-7dvn: Crystal structure of a MarR family protein in complex with a lipi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvn
タイトルCrystal structure of a MarR family protein in complex with a lipid-like effector molecule from the psychrophilic bacterium Paenisporosarcina sp. TG-14
要素MarR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription regulator DNA-binding Complex Lipid-like effector MarR family
機能・相同性PALMITIC ACID
機能・相同性情報
生物種Paenisporosarcina sp. TG-14 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, C.W. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)15250103 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a MarR family protein from the psychrophilic bacterium Paenisporosarcina sp. TG-14 in complex with a lipid-like molecule.
著者: Hwang, J. / Park, S.H. / Lee, C.W. / Do, H. / Shin, S.C. / Kim, H.W. / Lee, S.G. / Park, H.H. / Kwon, S. / Lee, J.H.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1942
ポリマ－16,9381
非ポリマー2561
水2,576143
1
A: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3884
ポリマ－33,8762
非ポリマー5132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area8710 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.524, 65.524, 90.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-393-

HOH

21A-441-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MarR family transcriptional regulator


分子量: 16937.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complex with palmitic acid
由来: (組換発現) Paenisporosarcina sp. TG-14 (バクテリア)
遺伝子: E2636_00495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6M ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 26268 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 23.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 82.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / Num. unique obs: 1300

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.34 Å / SU ML: 0.1657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.1222 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 1285 4.9 %
Rwork0.225 24918 -
obs0.2265 26203 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 0 18 143 1261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87111504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1061180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.8523450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.26941330.23212750X-RAY DIFFRACTION99.69
1.66-1.740.25581480.21972762X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.830.24941460.2182784X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.940.24841400.22072785X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.090.26051420.2132804X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.30.251620.20432792X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.640.26061430.22022847X-RAY DIFFRACTION99.93
2.64-3.320.22511310.22472847X-RAY DIFFRACTION98.77
3.32-32.340.27271400.24062547X-RAY DIFFRACTION84.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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