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- PDB-4pkk: Crystal structure of Macrophage Migration inhibitory factor in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pkk
タイトルCrystal structure of Macrophage Migration inhibitory factor in complex with furan-2-ylmethyl)imino methanethiol
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Inhibitor / Complex / Isomerase / active site / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(Z)-[(furan-2-ylmethyl)imino]methanethiol / ISOPROPYL ALCOHOL / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Pantouris, G. / Lolis, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Macrophage Migration inhibitory factor with a covalent inhibitor
著者: Pantouris, G. / Lolis, E.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,38617
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,32114
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.702, 95.702, 103.662
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 1121 - 112
21THRTHRBB1 - 1121 - 112
12THRTHRAA1 - 1121 - 112
22THRTHRCC1 - 1121 - 112
13ALAALABB1 - 1141 - 114
23ALAALACC1 - 1141 - 114

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

-
非ポリマー , 5種, 386分子

#2: 化合物 ChemComp-31E / (Z)-[(furan-2-ylmethyl)imino]methanethiol


分子量: 141.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NOS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium Sulphate, 3% 2-propanol, 20 mM Tris.HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 52989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Χ2: 0.821 / Net I/av σ(I): 66.085 / Net I/σ(I): 23.7 / Num. measured all: 421819
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.78-1.817.70.12926250.833100
1.81-1.847.80.11726020.874100
1.84-1.887.80.10226340.966100
1.88-1.927.80.08926151.079100
1.92-1.967.80.08126311.142100
1.96-27.90.07325701.158100
2-2.057.90.06526711.202100
2.05-2.117.90.05626111.094100
2.11-2.1780.04926590.988100
2.17-2.2480.04326150.883100
2.24-2.3280.03626240.769100
2.32-2.4280.03326420.696100
2.42-2.538.10.0326270.637100
2.53-2.668.10.02726760.629100
2.66-2.838.10.02426380.623100
2.83-3.048.10.02126570.595100
3.04-3.358.10.01826650.568100
3.35-3.838.10.01727030.566100
3.83-4.838.10.01727060.55899.9
4.83-507.80.01628180.6599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.78→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1813 2693 5.1 %RANDOM
Rwork0.1616 50260 --
obs0.1626 52953 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.82 Å2 / Biso mean: 17.949 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2531 0 82 372 2985
Biso mean--23.86 30.72 -
残基数----341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.9773613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6973.0095711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.54224.54599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.77615383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.914159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5231.5781361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5111.5771360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9742.3611696
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57190.14
12B57190.14
21A56900.13
22C56900.13
31B59650.13
32C59650.13
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.827 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 207 -
Rwork0.19 3655 -
all-3862 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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