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- PDB-7dv3: Structure of Sulfolobus solfataricus SegA-AMPPNP protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dv3
タイトルStructure of Sulfolobus solfataricus SegA-AMPPNP protein
要素SOJ protein (Soj)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN
機能・相同性: / AAA domain / AAA domain / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / SOJ protein (Soj)
機能・相同性情報
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Wu, C.T. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Chromosome segregation in Archaea: SegA- and SegB-DNA complex structures provide insights into segrosome assembly.
著者: Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Chen, B.W. / Ng, I.W. / Read, N. / Kabli, A.F. / Wu, C.T. / Shen, Y.Y. / Chen, C.H. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOJ protein (Soj)
B: SOJ protein (Soj)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7588
ポリマ－48,6492
非ポリマー1,1106
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.293, 62.058, 145.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SOJ protein (Soj)


分子量: 24324.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: soj, SSO0034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q981B3
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES pH 6.0, Magnesium formate, Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 14837 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 59507
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.694.10.39814690.8540.2190.4570.93897.2
2.69-2.84.10.35214940.8960.1940.4050.9497.6
2.8-2.934.10.27614930.9340.1530.3180.99297.7
2.93-3.084.10.21214740.9540.1180.2441.02897.7
3.08-3.2840.15915030.9740.0880.1831.03897.7
3.28-3.5340.10114920.9910.0560.1161.01596.8
3.53-3.8840.07414850.9930.0410.0850.93796.1
3.88-4.443.90.05514740.9960.0310.0640.89894.6
4.44-5.593.90.04514620.9970.0250.0520.75492.7
5.59-303.90.04414910.9980.0250.0510.94388

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DUT

7dut


解像度: 2.6→27.04 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1403 9.99 %
Rwork0.2128 12635 -
obs0.2184 14038 90.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.27 Å2 / Biso mean: 45.1661 Å2 / Biso min: 22.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→27.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 66 22 3510
Biso mean--37.68 34.46 -
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.690.33471080.2662984109272
2.69-2.80.35671270.27611131125883
2.8-2.930.31761350.27711225136089
2.93-3.080.35491450.28551308145396
3.08-3.270.29731490.25391336148598
3.27-3.530.30851490.24591343149297
3.53-3.880.29341490.21771340148996
3.88-4.440.2321470.18291324147195
4.44-5.590.23441450.1721306145193
5.59-27.040.19411490.15841338148789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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