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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dv3 | ||||||
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タイトル | Structure of Sulfolobus solfataricus SegA-AMPPNP protein | ||||||
要素 | SOJ protein (Soj) | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | : / AAA domain / AAA domain / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / SOJ protein (Soj) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Wu, C.T. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: Chromosome segregation in Archaea: SegA- and SegB-DNA complex structures provide insights into segrosome assembly. 著者: Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Chen, B.W. / Ng, I.W. / Read, N. / Kabli, A.F. / Wu, C.T. / Shen, Y.Y. / Chen, C.H. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dv3.cif.gz | 100 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dv3.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dv3_validation.pdf.gz | 1009.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dv3_full_validation.pdf.gz | 1013.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dv3_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dv3_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24324.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: soj, SSO0034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q981B3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MES pH 6.0, Magnesium formate, Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 14837 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 59507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DUT 解像度: 2.6→27.04 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.27 Å2 / Biso mean: 45.1661 Å2 / Biso min: 22.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→27.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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