+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dut | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Sulfolobus solfataricus SegA protein | ||||||
Components | SOJ protein (Soj) | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / PARTITION PROTEIN | ||||||
Function / homology | AAA domain / AAA domain / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SOJ protein (Soj) Function and homology information | ||||||
Biological species | Saccharolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Chromosome segregation in Archaea: SegA- and SegB-DNA complex structures provide insights into segrosome assembly. Authors: Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Chen, B.W. / Ng, I.W. / Read, N. / Kabli, A.F. / Wu, C.T. / Shen, Y.Y. / Chen, C.H. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dut.cif.gz | 61.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7dut.ent.gz | 41.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dut.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dut_validation.pdf.gz | 774.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7dut_full_validation.pdf.gz | 775.6 KB | Display | |
Data in XML | 7dut_validation.xml.gz | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7dut_validation.cif.gz | 15.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/7dut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/7dut | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7duvC 7dv2C 7dv3C 7dwrC 6iubS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24324.348 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (archaea) Strain: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / Gene: soj, SSO0034 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q981B3 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ADP / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.17 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MES sodium salt pH 6.5, PEG8000, calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. obs: 14301 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 98183 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6IUB Resolution: 2.1→26.91 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.76 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.33 Å2 / Biso mean: 29.2957 Å2 / Biso min: 10.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→26.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
|