PDB-7dtp: Crystal structure of agmatine coumaroyltransferase from Triticum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dtp

タイトル

Crystal structure of agmatine coumaroyltransferase from Triticum aestivum

要素

agmatine coumaroyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-acyltransferase

機能・相同性

: / Transferase family / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Triticum aestivum (コムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yamane, M. / Takenoya, M. / Sue, M. / Yajima, S.

引用

ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2021
タイトル: Molecular and structural characterization of agmatine coumaroyltransferase in Triticeae, the key regulator of hydroxycinnamic acid amide accumulation.
著者: Yamane, M. / Takenoya, M. / Yajima, S. / Sue, M.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dtp.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dtp.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dtp_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dtp_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	7dtp_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	7dtp_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/7dtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/7dtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cysS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kia-2 6ayb-d 3p6q-d 1io9-2 6f4g-2 2v8o-d 5k8u-d 4ifp-2 4ysv-d 4by0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: agmatine coumaroyltransferase

51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.074, 77.420, 92.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	agmatine coumaroyltransferase 分子量: 51876.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6DKZ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MMT buffer pH 6.5, 25 % (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20776 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1033 / CC_1/2: 0.782 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CYS

7cys

解像度: 2.3→48.948 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.747 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	1064	5.133 %
R_work	0.2331	19663	-
all	0.234	-	-
obs	-	20727	99.549 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.425 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.329 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.904 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3123	0	0	104	3227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.638	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	1.573	6949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.443	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.621	20.491	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.466	15	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.777	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.139	3.889	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.137	3.889	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.364	5.819	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.363	5.819	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.445	4.192	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.445	4.193	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.104	6.169	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.103	6.17	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.246	44.797	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.246	44.766	3292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.354	0.348	70	0.273	1376	X-RAY DIFFRACTION	94.6335
2.354-2.418	0.262	72	0.272	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.488	0.278	61	0.28	1362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.565	0.262	66	0.274	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.649	0.324	71	0.265	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.649-2.741	0.324	59	0.268	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.845	0.254	69	0.245	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-2.961	0.298	60	0.246	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.961-3.092	0.295	70	0.23	1109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.092-3.242	0.275	75	0.243	1032	X-RAY DIFFRACTION	100
3.242-3.417	0.257	56	0.247	1026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.417-3.624	0.307	46	0.233	969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.624-3.873	0.219	44	0.24	930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.873-4.182	0.277	51	0.208	838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.578	0.216	50	0.173	784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.578-5.115	0.206	43	0.187	717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.115-5.899	0.205	37	0.216	640	X-RAY DIFFRACTION	100
5.899-7.207	0.276	26	0.233	556	X-RAY DIFFRACTION	100
7.207-10.118	0.156	20	0.2	447	X-RAY DIFFRACTION	100
10.118-48.9	0.254	18	0.295	266	X-RAY DIFFRACTION	98.6111

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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