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- PDB-7dtm: Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dtm
タイトルCrystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex with citrate.
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / zinc(II) ion / citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Metallo-beta-lactamase IMP-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yamaguchi, Y. / Kurosaki, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures of Metallo-beta-Lactamase (IMP-1) and Its D120E Mutant in Complexes with Citrate and the Inhibitory Effect of the Benzyl Group in Citrate Monobenzyl Ester.
著者: Yamaguchi, Y. / Kato, K. / Ichimaru, Y. / Jin, W. / Sakai, M. / Abe, M. / Wachino, J.I. / Arakawa, Y. / Miyagi, Y. / Imai, M. / Fukuishi, N. / Yamagata, Y. / Otsuka, M. / Fujita, M. / Kurosaki, H.
履歴
登録2021年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
C: Metallo-beta-lactamase type 2
D: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,86616
ポリマ－100,5874
非ポリマー1,28012
水9,872548
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4674
ポリマ－25,1471
非ポリマー3203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4674
ポリマ－25,1471
非ポリマー3203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
3
C: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4674
ポリマ－25,1471
非ポリマー3203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
4
D: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4674
ポリマ－25,1471
非ポリマー3203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.944, 75.675, 82.264
Angle α, β, γ (deg.)83.530, 75.440, 74.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Metallo-beta-lactamase type 2 / IMP-1 metallo-beta-lactamase / B2 metallo-beta-lactamase / BLA-IMP / IMP-1 / Beta-lactamase type II ...IMP-1 metallo-beta-lactamase / B2 metallo-beta-lactamase / BLA-IMP / IMP-1 / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 25146.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M citric acid-sodium citrate buffer, 0.2M sodium acetate, PEG4000 30w/v%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→79.53 Å / Num. obs: 73344 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 3554

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DD6

1dd6


解像度: 2→79.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.756 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 3681 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2141 69486 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.8 Å2 / Biso mean: 35.129 Å2 / Biso min: 15.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å2-0.01 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→79.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6812 0 60 548 7420
Biso mean--36.09 37.43 -
残基数----872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9699556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892315624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38125.072276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.755151200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0711512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021504
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 232 -
Rwork0.365 4703 -
all-4935 -
obs--88.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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