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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dst | ||||||
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タイトル | FMDV capsid in complex with M170 Nab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / FMDV capsid in complex with M170 Nab | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, H. / Liu, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022 タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies. 著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dst.cif.gz | 156.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dst.ent.gz | 126.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dst_validation.pdf.gz | 990.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dst_full_validation.pdf.gz | 998.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dst_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dst_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dst | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22849.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23091.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
#3: タンパク質 | 分子量: 23754.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
#4: タンパク質 | 分子量: 7963.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
#5: 抗体 | 分子量: 12939.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Lama glama (ラマ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Lama glama (ラマ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3692 / 対称性のタイプ: POINT |