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- PDB-7dsg: Crystal structure of Brucella abortus PhiA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dsg
タイトルCrystal structure of Brucella abortus PhiA
要素Brucella Abortus PhiA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / T4SS / lysozyme inhibitor / PliC
機能・相同性C-type lysozyme inhibitor superfamily / MliC domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus biovar 1 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hyun, Y. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Brucella abortus PhiA
著者: Hyun, Y. / Ha, N.-C.
履歴
登録2020年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brucella Abortus PhiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2001
ポリマ－12,2001
非ポリマー00
水27015
1
A: Brucella Abortus PhiA

A: Brucella Abortus PhiA

A: Brucella Abortus PhiA

A: Brucella Abortus PhiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7984
ポリマ－48,7984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.020, 62.100, 68.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Brucella Abortus PhiA


分子量: 12199.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus biovar 1 (strain 9-941) (ウシ流産菌)
株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57FR6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% Tacsimate pH 6.5, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 24% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.95 Å / Num. obs: 17157 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 108.3 % / Biso Wilson estimate: 38.63 Å2 / CC star: 0.99 / R split: 0.1716 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 5214 / CC star: 0.92 / R split: 0.7431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MIR

4mir


解像度: 1.9→45.94 Å / SU ML: 0.2668 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1714 10 %
Rwork0.2385 15430 -
obs0.2409 17144 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数686 0 0 15 701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9523949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0579108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3974254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.37891300.33541200X-RAY DIFFRACTION93.73
1.95-2.020.26921450.29991277X-RAY DIFFRACTION99.72
2.02-2.090.32311440.2861290X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.170.36491330.26811280X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.270.31081500.27331313X-RAY DIFFRACTION99.86
2.27-2.390.33941450.26831286X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.540.36371430.26061315X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.730.27691430.27011270X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.010.31941410.23641297X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.440.23331510.22121301X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.340.2091420.20421300X-RAY DIFFRACTION100
4.34-45.940.24241470.23681301X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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