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万見
- PDB-7drk: Crystal structure of phosphatidylglycerol phosphate synthase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7drk
タイトルCrystal structure of phosphatidylglycerol phosphate synthase in complex with cytidine diphosphate-diacylglycerol
要素CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Substrate complex / Phospholipid synthase / Staphylococcus aureus / Transferase.
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 1-phosphatidyltransferase / CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase / : / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58A / ACETIC ACID / 1,4-BUTANEDIOL / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, B.W. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670749, 31925024 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: The phosphatidylglycerol phosphate synthase PgsA utilizes a trifurcated amphipathic cavity for catalysis at the membrane-cytosol interface.
著者: Yang, B. / Yao, H. / Li, D. / Liu, Z.
履歴
登録2020年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase
B: CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,62428
ポリマ－46,3992
非ポリマー5,22526
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Target protein exists as a dimer in detergent micelles, as revealed by size-exclusion chromatography coupled with multi-angle light scattering (SEC-MALS)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.781, 59.432, 73.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase / Phosphatidylglycerophosphate synthase / PGP synthase


分子量: 23199.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Staphylococcus aureus is a Gram-positive, round-shaped bacterium that is a member of the Firmicutes, and it is a usual member of the microbiota of the body, frequently found in the upper ...詳細: Staphylococcus aureus is a Gram-positive, round-shaped bacterium that is a member of the Firmicutes, and it is a usual member of the microbiota of the body, frequently found in the upper respiratory tract and on the skin.
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pgsA, SA1126 / プラスミド: pET-15b
詳細 (発現宿主): Ampicillin resistance; the pET-15b vector carries an N-terminal His-Tag sequence followed by a thrombin site and three cloning sites.
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P63756, CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 1-phosphatidyltransferase

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非ポリマー , 7種, 130分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-58A / 5'-O-[(R)-{[(S)-{(2R)-2,3-bis[(9E)-octadec-9-enoyloxy]propoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]cytidine / cytidinediphosphate-dioleoylglycerol / CDP-1,2-dioleoyl-sn-glycerol


分子量: 1006.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H85N3O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H40O4
#6: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 15-26% (v/v) 1,4-butanediol, 0.2M zinc acetate, 0.1M imidazole/HCl (pH 5.0-7.5)
PH範囲: 5.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cooling / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月23日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→35 Å / Num. obs: 11858 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 58.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2344 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Blu-Ice5データ収集
XDSJan 31, 2020 Built=20200417データ削減
AimlessCCP4-7.0.078データスケーリング
PHASER1.17.1_3660位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DRJ

7drj


解像度: 3→9.99 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2992 490 4.75 %Random selection
Rwork0.2499 ---
obs0.2523 10319 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2835 0 333 104 3272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9224280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.449587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.290.331280.27532451X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.750.31221150.24612448X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.640.27541320.22932408X-RAY DIFFRACTION98
4.64-9.990.30571150.26242522X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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