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万見
- PDB-7dr2: Structure of GraFix PSI tetramer from Cyanophora paradoxa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dr2
タイトルStructure of GraFix PSI tetramer from Cyanophora paradoxa
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanelle thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...cyanelle thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanophora paradoxa (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kato, K. / Nagao, R. / Akita, F. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a tetrameric photosystem I from a glaucophyte alga Cyanophora paradoxa.
著者: Koji Kato / Ryo Nagao / Yoshifumi Ueno / Makio Yokono / Takehiro Suzuki / Tian-Yi Jiang / Naoshi Dohmae / Fusamichi Akita / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems functioning in light-energy harvesting, transfer, and electron transfer in photosynthesis. However, the oligomerization state of PSI is variable ...Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems functioning in light-energy harvesting, transfer, and electron transfer in photosynthesis. However, the oligomerization state of PSI is variable among photosynthetic organisms. We present a 3.8-Å resolution cryo-electron microscopic structure of tetrameric PSI isolated from the glaucophyte alga Cyanophora paradoxa, which reveals differences with PSI from other organisms in subunit composition and organization. The PSI tetramer is organized in a dimer of dimers with a C2 symmetry. Unlike cyanobacterial PSI tetramers, two of the four monomers are rotated around 90°, resulting in a completely different pattern of monomer-monomer interactions. Excitation-energy transfer among chlorophylls differs significantly between Cyanophora and cyanobacterial PSI tetramers. These structural and spectroscopic features reveal characteristic interactions and excitation-energy transfer in the Cyanophora PSI tetramer, suggesting that the Cyanophora PSI could represent a turning point in the evolution of PSI from prokaryotes to eukaryotes.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into an evolutionary turning-point of photosystem I from prokaryotes to eukaryotes
著者: Kato, K. / Nagao, R. / Ueno, Y. / Yokono, M. / Suzuki, T. / Jiang, T.Y. / Dohmae, N. / Akita, F. / Akimoto, S. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
履歴
登録2020年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update
改定 1.22025年11月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30823
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
aB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
aC: Photosystem I iron-sulfur center
aD: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
aE: Photosystem I reaction center subunit IV
aF: Photosystem I reaction center subunit III
aI: Photosystem I reaction center subunit VIII
aJ: Photosystem I reaction center subunit IX
aK: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
aL: Photosystem I reaction center subunit XI
aM: Photosystem I reaction center subunit XII
bA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
bB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
bC: Photosystem I iron-sulfur center
bD: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
bE: Photosystem I reaction center subunit IV
bF: Photosystem I reaction center subunit III
bI: Photosystem I reaction center subunit VIII
bJ: Photosystem I reaction center subunit IX
bL: Photosystem I reaction center subunit XI
bM: Photosystem I reaction center subunit XII
cA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
cB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
cC: Photosystem I iron-sulfur center
cD: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
cE: Photosystem I reaction center subunit IV
cF: Photosystem I reaction center subunit III
cI: Photosystem I reaction center subunit VIII
cJ: Photosystem I reaction center subunit IX
cK: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
cL: Photosystem I reaction center subunit XI
cM: Photosystem I reaction center subunit XII
dA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
dB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
dC: Photosystem I iron-sulfur center
dD: Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle
dE: Photosystem I reaction center subunit IV
dF: Photosystem I reaction center subunit III
dI: Photosystem I reaction center subunit VIII
dJ: Photosystem I reaction center subunit IX
dL: Photosystem I reaction center subunit XI
dM: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,399,738480
ポリマ－1,047,32742
非ポリマー352,411438
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 8分子 aAbAcAdAaBbBcBdB

#1: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83397.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: A0A097PBL3, photosystem I
#2: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82316.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48113, photosystem I

-
タンパク質 , 1種, 4分子 aCbCcCdC

#3: タンパク質
Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8850.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P31173, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 30分子 aDbDcDdDaEbEcEdEaFbFcFdFaIbIcIdIaJbJcJdJaKcKaLbLcLdLaMbMcMdM

#4: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit II, cyanelle / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 23693.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: Q9T4W8
#5: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit IV / PSI-E


分子量: 8058.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48114
#6: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20697.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48115
#7: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3772.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48116
#8: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4483.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48117
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1


分子量: 15704.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物)
#10: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 15376.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物)
#11: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3334.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanophora paradoxa (真核生物) / 参照: UniProt: P48185

-
非ポリマー , 7種, 438分子

#12: 化合物
ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Cyanophora paradoxa (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
150 mMMES-NaOH1
20.03 %DDM1
試料濃度: 0.048 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9PHENIX1.13_2998モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 723316
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40679 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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