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- PDB-7dqe: Crystal structure of the ADP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dqe
タイトルCrystal structure of the ADP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 complex from enterococcus hirae V-ATPase
要素(V-type sodium ATPase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / V-ATPase / A3B3 / asymmetric structure
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain ...V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-type sodium ATPase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Murata, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Combination of High-Speed AFM and X-ray Crystallography Reveals Rotary Catalytic Mechanism of Shaftless V1-ATPase
著者: Imamura, M. / Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Kawai, F. / Akiyama, T. / Mizutani, K. / Suzuki, K. / Shirouzu, M. / Iino, R. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Murata, T.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,67213
ポリマ－354,2216
非ポリマー1,4517
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29400 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area109150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.030, 121.090, 231.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
V-type sodium ATPase ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A


分子量: 66363.867 Da / 分子数: 3 / 変異: S23C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B


分子量: 51709.938 Da / 分子数: 3 / 変異: N64C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

-
非ポリマー , 4種, 198分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG 3350, 100mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→47.631 Å / Num. obs: 92593 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.371 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 8.71 / Num. measured all: 312121
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.69-2.863.4060.642.094987114931146440.670.75598.1
2.86-3.053.3060.4672.854633414096140140.7940.55399.4
3.05-3.33.3480.3284.094382413135130890.8840.38999.6
3.3-3.613.5190.2036.834237912105120430.960.23799.5
3.61-4.033.4060.1310.253726611050109420.9810.15399
4.03-4.653.2550.0815.1731379976296400.9910.09598.8
4.65-5.693.3920.07416.3227691831581640.9930.08898.2
5.69-7.993.3330.07216.4321297655263900.9940.08597.5
7.99-47.6313.2940.03828.2312080386936670.9980.04594.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KNC

5knc


解像度: 2.694→47.631 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 4793 5.18 %
Rwork0.2255 87789 -
obs0.2269 92582 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.16 Å2 / Biso mean: 38.8365 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.694→47.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23813 0 89 191 24093
Biso mean--32.26 25.05 -
残基数----3106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60132947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0233743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.899058
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6942-2.72480.32391590.3067271694
2.7248-2.75690.32611770.3052290199
2.7569-2.79050.27661640.2975290299
2.7905-2.82580.33351510.3012288299
2.8258-2.8630.33731670.2962291899
2.863-2.90220.35431770.2962891100
2.9022-2.94370.33721660.2788292599
2.9437-2.98760.31061510.2908292699
2.9876-3.03430.31991750.2914289299
3.0343-3.0840.30461680.28192913100
3.084-3.13720.33881720.2742893100
3.1372-3.19420.31011690.26952945100
3.1942-3.25560.29441580.26542929100
3.2556-3.32210.28861650.25812938100
3.3221-3.39430.2761580.25662930100
3.3943-3.47320.23381580.2377294199
3.4732-3.560.28691650.2279292799
3.56-3.65630.26161430.22972943100
3.6563-3.76380.24091700.2202292799
3.7638-3.88520.25231480.2116295899
3.8852-4.0240.21771590.205290598
4.024-4.18510.23521460.2017294699
4.1851-4.37540.20731700.1814291099
4.3754-4.60590.17491550.1701296699
4.6059-4.89420.18051690.1704291698
4.8942-5.27170.22161420.1958296698
5.2717-5.80130.26131320.2066298298
5.8013-6.63890.24011400.2138296998
6.6389-8.35690.20711530.1869299297
8.3569-47.6310.19081660.1697304095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55971.23791.34761.33181.5741.844-0.190.39750.0692-0.35260.17730.0456-0.01230.28810.02480.2667-0.0293-0.03340.25860.05390.198656.9425-4.5881-60.6081
23.0349-0.77660.7740.9061-0.55122.43190.10590.3143-0.0579-0.0721-0.1472-0.26230.080.41510.04440.2118-0.04820.0510.3033-0.0240.374579.62466.0068-56.7387
31.607-0.46150.03551.10410.64021.6503-0.0278-0.03570.15-0.00650.0062-0.1854-0.14540.18480.01770.2482-0.0264-0.02990.26380.08270.304164.024116.0736-41.4977
40.68390.12550.24782.14920.89631.35010.0472-0.23780.16010.2925-0.1012-0.0866-0.1564-0.01210.05980.3263-0.0565-0.04030.31720.03150.242658.775924.683-24.091
51.7556-0.0027-0.58630.5908-1.13194.2357-0.2519-0.0027-0.4435-0.0323-0.0013-0.06530.49780.12730.27340.25470.02890.06910.16460.0240.312343.1172-40.7217-29.679
64.78722.635-0.71162.5754-1.01311.6114-0.1908-0.1736-1.038-0.1089-0.0299-0.47530.53860.02380.2220.48690.04860.05530.32110.03650.477535.3935-54.463-8.9479
72.21310.7913-0.01181.53240.17780.66560.0922-0.3375-0.18860.1918-0.0953-0.04380.2629-0.04720.00050.2591-0.01370.0230.21290.0390.170832.2125-30.2979-3.8846
81.0689-0.2638-0.44671.52381.0912.17310.0355-0.11430.1090.0945-0.02570.0357-0.2003-0.0294-0.02350.177-0.0111-0.01150.22790.03090.190426.2881-17.2532-0.1938
92.9817-1.70090.043.30220.08390.01250.070.1726-0.0689-0.4158-0.0533-0.0821-0.0716-0.0086-0.02060.2547-0.0264-0.00050.2707-0.00190.197110.6676-20.1079-62.1828
101.52610.75190.25853.3158-1.58123.3869-0.23610.31860.0349-0.7860.35350.4290.2659-0.2217-0.11990.2945-0.0611-0.08280.2989-0.01150.3522-8.6041-4.8904-70.8145
110.9883-0.18660.22251.7683-0.3281.6152-0.0038-0.0520.13650.1598-0.01550.0772-0.2324-0.03280.00970.2117-0.03770.00910.21670.02370.1946.12854.6058-48.9805
122.35330.205-0.39443.34471.09931.03970.0212-0.46760.27511.03240.1639-0.2816-0.9338-0.1657-0.15221.08380.1042-0.0220.38710.02450.43415.462624.4515-28.7909
132.04660.44120.33982.42081.24391.8912-0.1762-0.41290.44420.98510.1140.5661-0.9859-0.26070.06951.55540.35690.24740.63210.11620.6744-5.444829.8444-23.8829
141.29780.7038-1.07814.8881-0.91170.91240.0476-0.0277-0.0850.3125-0.23960.1828-0.00870.04760.18030.3162-0.035100.3275-0.01730.225331.0794-5.6081-72.9864
151.7452-0.3755-1.12181.74650.42813.16490.08630.30750.2818-0.1202-0.0532-0.0605-0.277-0.1462-0.02870.18410.0042-0.03710.19690.07050.252734.134123.3314-60.4969
161.38090.0184-0.59971.9693-0.46611.05210.00720.08340.0377-0.0428-0.01780.12980.014-0.11170.00180.1913-0.0336-0.06460.2497-0.00180.179533.277614.1147-59.8861
172.1147-0.30880.23753.80580.85521.6788-0.032-0.48690.59070.4906-0.05730.0349-0.2572-0.12270.06880.3155-0.0094-0.02920.3319-0.07960.350132.246933.0612-38.321
182.0123-0.74580.84732.532-0.52533.2097-0.01340.3119-0.0731-0.25120.0663-0.1436-0.09220.4236-0.05930.1843-0.02090.05050.2505-0.01760.233962.4013-23.7619-42.2796
192.9197-1.04580.82142.0142-0.66912.2439-0.1222-0.28570.27620.29670.0088-0.3541-0.21320.17830.0930.2282-0.0228-0.03830.21810.00810.228559.2183-11.6475-15.2761
202.0315-0.12250.14982.0052-1.01922.7453-0.6824-1.2360.33731.26680.7598-0.0648-0.7805-0.2186-0.1021.11320.3477-0.03520.9773-0.09760.605648.33720.59959.9544
210.8944-0.6658-0.89830.95920.35361.1096-0.14510.0273-0.21410.08290.09850.13780.1985-0.08880.03190.2517-0.07080.03050.2843-0.01190.333415.6783-39.6591-40.1618
220.4084-0.45580.59111.34760.44712.1155-0.1418-0.1562-0.02750.19840.12180.2178-0.0188-0.44560.05560.1737-0.00280.06140.23690.04030.2155-2.3518-17.4185-25.9957
230.744-0.27780.09691.82010.21141.5766-0.0184-0.16210.0540.20670.01620.0918-0.1698-0.1065-0.00260.1980.00160.02840.25750.04030.17723.6117-10.0732-22.1338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 90 )A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 192 )A91 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 330 )A193 - 330
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 331 through 584 )A331 - 584
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 90 )B1 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 185 )B91 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 186 through 284 )B186 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 285 through 584 )B285 - 584
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 90 )C1 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 91 through 192 )C91 - 192
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 193 through 452 )C193 - 452
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 453 through 538 )C453 - 538
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 539 through 584 )C539 - 584
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 7 through 85 )D7 - 85
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 86 through 187 )D86 - 187
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 188 through 305 )D188 - 305
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 306 through 452 )D306 - 452
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 85 )E1 - 85
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 86 through 351 )E86 - 351
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 352 through 454 )E352 - 454
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 106 )F1 - 106
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 107 through 187 )F107 - 187
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 188 through 454 )F188 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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