PDB-7dqe: Crystal structure of the ADP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqe

タイトル

Crystal structure of the ADP-bound mutant A(S23C)3B(N64C)3 complex from enterococcus hirae V-ATPase

要素

(V-type sodium ATPase ...) x 2

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

V-ATPase / A3B3 / asymmetric structure

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar acidification / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus hirae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.694 Å

データ登録者

Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Murata, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Combination of High-Speed AFM and X-ray Crystallography Reveals Rotary Catalytic Mechanism of Shaftless V1-ATPase
著者: Imamura, M. / Maruyama, S. / Nakamoto, K. / Kawai, F. / Akiyama, T. / Mizutani, K. / Suzuki, K. / Shirouzu, M. / Iino, R. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Murata, T.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqe.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqe.ent.gz	977 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kncS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ze9-d 7dqd-1 3vr3-d 7dqd-2 7coq-d 7dqc-d 3vr2-d 4oo1-d 3w3a-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

ヘテロ分子

356 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.030, 121.090, 231.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
V-type sodium ATPase ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 66363.867 Da / 分子数: 3 / 変異: S23C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア) 遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 51709.938 Da / 分子数: 3 / 変異: N64C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア) 遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

#1: タンパク質

V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A

分子量: 66363.867 Da / 分子数: 3 / 変異: S23C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636,

Na+-transporting two-sector ATPase

#2: タンパク質

V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B

分子量: 51709.938 Da / 分子数: 3 / 変異: N64C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

-
非ポリマー , 4種, 198分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG 3350, 100mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.69→47.631 Å / Num. obs: 92593 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.371 % / B_iso Wilson estimate: 36.77 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_rim(I) all: 0.183 / Χ²: 1.065 / Net I/σ(I): 8.71 / Num. measured all: 312121

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.69-2.86	3.406	0.64	2.09	49871	14931	14644	0.67	0.755	98.1
2.86-3.05	3.306	0.467	2.85	46334	14096	14014	0.794	0.553	99.4
3.05-3.3	3.348	0.328	4.09	43824	13135	13089	0.884	0.389	99.6
3.3-3.61	3.519	0.203	6.83	42379	12105	12043	0.96	0.237	99.5
3.61-4.03	3.406	0.13	10.25	37266	11050	10942	0.981	0.153	99
4.03-4.65	3.255	0.08	15.17	31379	9762	9640	0.991	0.095	98.8
4.65-5.69	3.392	0.074	16.32	27691	8315	8164	0.993	0.088	98.2
5.69-7.99	3.333	0.072	16.43	21297	6552	6390	0.994	0.085	97.5
7.99-47.631	3.294	0.038	28.23	12080	3869	3667	0.998	0.045	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KNC

5knc

解像度: 2.694→47.631 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	4793	5.18 %
R_work	0.2255	87789	-
obs	0.2269	92582	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.16 Å² / B_iso mean: 38.8365 Å² / B_iso min: 8.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.694→47.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23813	0	89	191	24093
B_iso mean	-	-	32.26	25.05	-
残基数	-	-	-	-	3106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	24312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.601	32947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	3743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4307
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.89	9058

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6942-2.7248	0.3239	159	0.3067	2716	94
2.7248-2.7569	0.3261	177	0.3052	2901	99
2.7569-2.7905	0.2766	164	0.2975	2902	99
2.7905-2.8258	0.3335	151	0.3012	2882	99
2.8258-2.863	0.3373	167	0.2962	2918	99
2.863-2.9022	0.3543	177	0.296	2891	100
2.9022-2.9437	0.3372	166	0.2788	2925	99
2.9437-2.9876	0.3106	151	0.2908	2926	99
2.9876-3.0343	0.3199	175	0.2914	2892	99
3.0343-3.084	0.3046	168	0.2819	2913	100
3.084-3.1372	0.3388	172	0.274	2893	100
3.1372-3.1942	0.3101	169	0.2695	2945	100
3.1942-3.2556	0.2944	158	0.2654	2929	100
3.2556-3.3221	0.2886	165	0.2581	2938	100
3.3221-3.3943	0.276	158	0.2566	2930	100
3.3943-3.4732	0.2338	158	0.2377	2941	99
3.4732-3.56	0.2869	165	0.2279	2927	99
3.56-3.6563	0.2616	143	0.2297	2943	100
3.6563-3.7638	0.2409	170	0.2202	2927	99
3.7638-3.8852	0.2523	148	0.2116	2958	99
3.8852-4.024	0.2177	159	0.205	2905	98
4.024-4.1851	0.2352	146	0.2017	2946	99
4.1851-4.3754	0.2073	170	0.1814	2910	99
4.3754-4.6059	0.1749	155	0.1701	2966	99
4.6059-4.8942	0.1805	169	0.1704	2916	98
4.8942-5.2717	0.2216	142	0.1958	2966	98
5.2717-5.8013	0.2613	132	0.2066	2982	98
5.8013-6.6389	0.2401	140	0.2138	2969	98
6.6389-8.3569	0.2071	153	0.1869	2992	97
8.3569-47.631	0.1908	166	0.1697	3040	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5597	1.2379	1.3476	1.3318	1.574	1.844	-0.19	0.3975	0.0692	-0.3526	0.1773	0.0456	-0.0123	0.2881	0.0248	0.2667	-0.0293	-0.0334	0.2586	0.0539	0.1986	56.9425	-4.5881	-60.6081
2	3.0349	-0.7766	0.774	0.9061	-0.5512	2.4319	0.1059	0.3143	-0.0579	-0.0721	-0.1472	-0.2623	0.08	0.4151	0.0444	0.2118	-0.0482	0.051	0.3033	-0.024	0.3745	79.6246	6.0068	-56.7387
3	1.607	-0.4615	0.0355	1.1041	0.6402	1.6503	-0.0278	-0.0357	0.15	-0.0065	0.0062	-0.1854	-0.1454	0.1848	0.0177	0.2482	-0.0264	-0.0299	0.2638	0.0827	0.3041	64.0241	16.0736	-41.4977
4	0.6839	0.1255	0.2478	2.1492	0.8963	1.3501	0.0472	-0.2378	0.1601	0.2925	-0.1012	-0.0866	-0.1564	-0.0121	0.0598	0.3263	-0.0565	-0.0403	0.3172	0.0315	0.2426	58.7759	24.683	-24.091
5	1.7556	-0.0027	-0.5863	0.5908	-1.1319	4.2357	-0.2519	-0.0027	-0.4435	-0.0323	-0.0013	-0.0653	0.4978	0.1273	0.2734	0.2547	0.0289	0.0691	0.1646	0.024	0.3123	43.1172	-40.7217	-29.679
6	4.7872	2.635	-0.7116	2.5754	-1.0131	1.6114	-0.1908	-0.1736	-1.038	-0.1089	-0.0299	-0.4753	0.5386	0.0238	0.222	0.4869	0.0486	0.0553	0.3211	0.0365	0.4775	35.3935	-54.463	-8.9479
7	2.2131	0.7913	-0.0118	1.5324	0.1778	0.6656	0.0922	-0.3375	-0.1886	0.1918	-0.0953	-0.0438	0.2629	-0.0472	0.0005	0.2591	-0.0137	0.023	0.2129	0.039	0.1708	32.2125	-30.2979	-3.8846
8	1.0689	-0.2638	-0.4467	1.5238	1.091	2.1731	0.0355	-0.1143	0.109	0.0945	-0.0257	0.0357	-0.2003	-0.0294	-0.0235	0.177	-0.0111	-0.0115	0.2279	0.0309	0.1904	26.2881	-17.2532	-0.1938
9	2.9817	-1.7009	0.04	3.3022	0.0839	0.0125	0.07	0.1726	-0.0689	-0.4158	-0.0533	-0.0821	-0.0716	-0.0086	-0.0206	0.2547	-0.0264	-0.0005	0.2707	-0.0019	0.1971	10.6676	-20.1079	-62.1828
10	1.5261	0.7519	0.2585	3.3158	-1.5812	3.3869	-0.2361	0.3186	0.0349	-0.786	0.3535	0.429	0.2659	-0.2217	-0.1199	0.2945	-0.0611	-0.0828	0.2989	-0.0115	0.3522	-8.6041	-4.8904	-70.8145
11	0.9883	-0.1866	0.2225	1.7683	-0.328	1.6152	-0.0038	-0.052	0.1365	0.1598	-0.0155	0.0772	-0.2324	-0.0328	0.0097	0.2117	-0.0377	0.0091	0.2167	0.0237	0.194	6.1285	4.6058	-48.9805
12	2.3533	0.205	-0.3944	3.3447	1.0993	1.0397	0.0212	-0.4676	0.2751	1.0324	0.1639	-0.2816	-0.9338	-0.1657	-0.1522	1.0838	0.1042	-0.022	0.3871	0.0245	0.4341	5.4626	24.4515	-28.7909
13	2.0466	0.4412	0.3398	2.4208	1.2439	1.8912	-0.1762	-0.4129	0.4442	0.9851	0.114	0.5661	-0.9859	-0.2607	0.0695	1.5554	0.3569	0.2474	0.6321	0.1162	0.6744	-5.4448	29.8444	-23.8829
14	1.2978	0.7038	-1.0781	4.8881	-0.9117	0.9124	0.0476	-0.0277	-0.085	0.3125	-0.2396	0.1828	-0.0087	0.0476	0.1803	0.3162	-0.0351	0	0.3275	-0.0173	0.2253	31.0794	-5.6081	-72.9864
15	1.7452	-0.3755	-1.1218	1.7465	0.4281	3.1649	0.0863	0.3075	0.2818	-0.1202	-0.0532	-0.0605	-0.277	-0.1462	-0.0287	0.1841	0.0042	-0.0371	0.1969	0.0705	0.2527	34.1341	23.3314	-60.4969
16	1.3809	0.0184	-0.5997	1.9693	-0.4661	1.0521	0.0072	0.0834	0.0377	-0.0428	-0.0178	0.1298	0.014	-0.1117	0.0018	0.1913	-0.0336	-0.0646	0.2497	-0.0018	0.1795	33.2776	14.1147	-59.8861
17	2.1147	-0.3088	0.2375	3.8058	0.8552	1.6788	-0.032	-0.4869	0.5907	0.4906	-0.0573	0.0349	-0.2572	-0.1227	0.0688	0.3155	-0.0094	-0.0292	0.3319	-0.0796	0.3501	32.2469	33.0612	-38.321
18	2.0123	-0.7458	0.8473	2.532	-0.5253	3.2097	-0.0134	0.3119	-0.0731	-0.2512	0.0663	-0.1436	-0.0922	0.4236	-0.0593	0.1843	-0.0209	0.0505	0.2505	-0.0176	0.2339	62.4013	-23.7619	-42.2796
19	2.9197	-1.0458	0.8214	2.0142	-0.6691	2.2439	-0.1222	-0.2857	0.2762	0.2967	0.0088	-0.3541	-0.2132	0.1783	0.093	0.2282	-0.0228	-0.0383	0.2181	0.0081	0.2285	59.2183	-11.6475	-15.2761
20	2.0315	-0.1225	0.1498	2.0052	-1.0192	2.7453	-0.6824	-1.236	0.3373	1.2668	0.7598	-0.0648	-0.7805	-0.2186	-0.102	1.1132	0.3477	-0.0352	0.9773	-0.0976	0.6056	48.3372	0.5995	9.9544
21	0.8944	-0.6658	-0.8983	0.9592	0.3536	1.1096	-0.1451	0.0273	-0.2141	0.0829	0.0985	0.1378	0.1985	-0.0888	0.0319	0.2517	-0.0708	0.0305	0.2843	-0.0119	0.3334	15.6783	-39.6591	-40.1618
22	0.4084	-0.4558	0.5911	1.3476	0.4471	2.1155	-0.1418	-0.1562	-0.0275	0.1984	0.1218	0.2178	-0.0188	-0.4456	0.0556	0.1737	-0.0028	0.0614	0.2369	0.0403	0.2155	-2.3518	-17.4185	-25.9957
23	0.744	-0.2778	0.0969	1.8201	0.2114	1.5766	-0.0184	-0.1621	0.054	0.2067	0.0162	0.0918	-0.1698	-0.1065	-0.0026	0.198	0.0016	0.0284	0.2575	0.0403	0.1772	3.6117	-10.0732	-22.1338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 90 )	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 192 )	A	91 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 330 )	A	193 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 584 )	A	331 - 584
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 90 )	B	1 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 185 )	B	91 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 186 through 284 )	B	186 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 285 through 584 )	B	285 - 584
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 90 )	C	1 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 91 through 192 )	C	91 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 193 through 452 )	C	193 - 452
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 453 through 538 )	C	453 - 538
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 539 through 584 )	C	539 - 584
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 7 through 85 )	D	7 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 86 through 187 )	D	86 - 187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 188 through 305 )	D	188 - 305
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 306 through 452 )	D	306 - 452
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 1 through 85 )	E	1 - 85
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 86 through 351 )	E	86 - 351
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 352 through 454 )	E	352 - 454
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 106 )	F	1 - 106
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 107 through 187 )	F	107 - 187
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 188 through 454 )	F	188 - 454

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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