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- PDB-7dq1: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 virion in complex with CAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dq1
タイトルCryo-EM structure of Coxsackievirus B1 virion in complex with CAR at physiological temperature
要素
  • Capsid protein VP4
  • Coxsackievirus and adenovirus receptor
  • VP2
  • VP3
  • Virion protein 1
キーワードVIRUS / Coxsackievirus B1 / CAR / Cryo-EM / A-particle
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / transepithelial transport / germ cell migration / apicolateral plasma membrane ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / transepithelial transport / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization / connexin binding / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / acrosomal vesicle / picornain 3C / filopodium / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / mitochondrion organization / PDZ domain binding / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / host cell cytoplasmic vesicle membrane / neuromuscular junction / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / beta-catenin binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / nucleoside-triphosphate phosphatase / integrin binding / channel activity / cell junction / viral capsid / heart development / virus receptor activity / monoatomic ion transmembrane transport / growth cone / cell body / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / defense response to virus / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / neuron projection / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / proteolysis / RNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...: / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Immunoglobulin V-set domain / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Coxsackievirus and adenovirus receptor / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Li, S. / Zhu, R. / Xu, L. / Cheng, T. / Zheng, Q.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures reveal the molecular basis of receptor-initiated coxsackievirus uncoating.
著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Hai Yu / Yu Lin / Yuanyuan Wu / Maozhou He / Yang Huang / Yichao Jiang / Hui Sun / Zhenghui Zha / Hongwei Yang / Qiongzi Huang / Dongqing ...著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Hai Yu / Yu Lin / Yuanyuan Wu / Maozhou He / Yang Huang / Yichao Jiang / Hui Sun / Zhenghui Zha / Hongwei Yang / Qiongzi Huang / Dongqing Zhang / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Lisheng Yang / Che Liu / Yuqiong Que / Mujin Fang / Ying Gu / Jun Zhang / Wenxin Luo / Z Hong Zhou / Shaowei Li / Tong Cheng / Ningshao Xia /
要旨: Enterovirus uncoating receptors bind at the surface depression ("canyon") that encircles each capsid vertex causing the release of a host-derived lipid called "pocket factor" that is buried in a ...Enterovirus uncoating receptors bind at the surface depression ("canyon") that encircles each capsid vertex causing the release of a host-derived lipid called "pocket factor" that is buried in a hydrophobic pocket formed by the major viral capsid protein, VP1. Coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) is a universal uncoating receptor of group B coxsackieviruses (CVB). Here, we present five high-resolution cryoEM structures of CVB representing different stages of virus infection. Structural comparisons show that the CAR penetrates deeper into the canyon than other uncoating receptors, leading to a cascade of events: collapse of the VP1 hydrophobic pocket, high-efficiency release of the pocket factor and viral uncoating and genome release under neutral pH, as compared with low pH. Furthermore, we identified a potent therapeutic antibody that can neutralize viral infection by interfering with virion-CAR interactions, destabilizing the capsid and inducing virion disruption. Together, these results define the structural basis of CVB cell entry and antibody neutralization.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30813
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30813
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Virion protein 1
2: VP2
3: VP3
4: Capsid protein VP4
K: Coxsackievirus and adenovirus receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6145
ポリマ－107,6145
非ポリマー00
水00
1
1: Virion protein 1
2: VP2
3: VP3
4: Capsid protein VP4
K: Coxsackievirus and adenovirus receptor
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,456,854300
ポリマ－6,456,854300
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Virion protein 1
2: VP2
3: VP3
4: Capsid protein VP4
K: Coxsackievirus and adenovirus receptor
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 538 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,07125
ポリマ－538,07125
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Virion protein 1
2: VP2
3: VP3
4: Capsid protein VP4
K: Coxsackievirus and adenovirus receptor
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 646 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,68530
ポリマ－645,68530
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Virion protein 1 / VP1 / P1C / P1D


分子量: 31207.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: W8GTF7
#2: タンパク質 VP2


分子量: 29122.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S0RQC2
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26328.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: L7UV52
#4: タンパク質 Capsid protein VP4 / VP4


分子量: 7484.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1FMR1
#5: タンパク質 Coxsackievirus and adenovirus receptor / hCAR / CVB3-binding protein / Coxsackievirus B-adenovirus receptor / HCVADR


分子量: 13471.361 Da / 分子数: 1 / Fragment: D1 domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78310
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus B1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3259: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3574 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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