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- PDB-7dpy: Structure of Brucella abortus PhiA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dpy
タイトルStructure of Brucella abortus PhiA
要素Brucella Abortus PhiA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / T4SS / lysozyme inhibitor / PliC
機能・相同性C-type lysozyme inhibitor superfamily / MliC domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hyun, Y. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2021
タイトル: Structure and Function of the Autolysin SagA in the Type IV Secretion System of Brucella abortus .
著者: Hyun, Y. / Baek, Y. / Lee, C. / Ki, N. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brucella Abortus PhiA
B: Brucella Abortus PhiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5352
ポリマ－24,5352
非ポリマー00
水2,126118
1
A: Brucella Abortus PhiA
B: Brucella Abortus PhiA

A: Brucella Abortus PhiA
B: Brucella Abortus PhiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0704
ポリマ－49,0704
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.155, 51.156, 62.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLUGLU(chain 'A' and (resid 68 through 141 or resid 147 through 157))AA68 - 1408 - 80
12GLUGLUASPASP(chain 'A' and (resid 68 through 141 or resid 147 through 157))AA147 - 15787 - 97
23PROPROGLUGLU(chain 'B' and resid 68 through 157)BB68 - 1408 - 80
24GLUGLUASPASP(chain 'B' and resid 68 through 157)BB147 - 15787 - 97

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要素

#1: タンパク質 Brucella Abortus PhiA


分子量: 12267.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal sequence was confirmed by Edman degradation sequencing method. 101-108 residues are expression tag sequence, for both chain A and B.
由来: (組換発現) Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57FR6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.0, 18% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19949 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 17.16 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / Num. unique obs: 964 / CC1/2: 0.953 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.276

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MIR

4mir


解像度: 1.8→45.36 Å / SU ML: 0.1729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 21.487
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1033 5.21 %
Rwork0.1992 18804 -
obs0.2009 19837 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1393 0 0 118 1511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95091926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0665218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5502517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.90.24391440.20322521X-RAY DIFFRACTION93.57
1.9-2.020.24211680.18922595X-RAY DIFFRACTION98.47
2.02-2.170.26681200.19772698X-RAY DIFFRACTION99.02
2.17-2.390.25221480.20882674X-RAY DIFFRACTION99.19
2.39-2.740.27171260.21722709X-RAY DIFFRACTION99.44
2.74-3.450.25411430.2022755X-RAY DIFFRACTION99.66
3.45-45.360.18991840.18882852X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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