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- PDB-7dpx: Crystal structure of the SRCR domain of human SCARA1/CD204 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dpx
タイトルCrystal structure of the SRCR domain of human SCARA1/CD204
要素Macrophage scavenger receptor types I and II
キーワードENDOCYTOSIS / scavenger receptor class A / modified lipoprotein (s) / ApoB / SRCR domain / LDL / VLDL / SCARA1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cholesterol storage / plasma lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / collagen trimer / low-density lipoprotein particle / cholesterol transport / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cargo receptor activity / lipoprotein transport / scavenger receptor activity ...positive regulation of cholesterol storage / plasma lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / collagen trimer / low-density lipoprotein particle / cholesterol transport / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cargo receptor activity / lipoprotein transport / scavenger receptor activity / Scavenging by Class A Receptors / phagocytosis, engulfment / : / amyloid-beta clearance / receptor-mediated endocytosis / establishment of localization in cell / endocytic vesicle membrane / amyloid-beta binding / negative regulation of gene expression / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage scavenger receptor, Class A-I/II / Macrophage scavenger receptor / : / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain ...Macrophage scavenger receptor, Class A-I/II / Macrophage scavenger receptor / : / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage scavenger receptor types I and II
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Cheng, C. / He, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Recognition of lipoproteins by scavenger receptor class A members.
著者: Cheng, C. / Zheng, E. / Yu, B. / Zhang, Z. / Wang, Y. / Liu, Y. / He, Y.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage scavenger receptor types I and II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4782
ポリマ－12,4381
非ポリマー401
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.031, 57.086, 62.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage scavenger receptor types I and II / Macrophage acetylated LDL receptor I and II / Scavenger receptor class A member 1


分子量: 12437.962 Da / 分子数: 1 / 断片: SRCR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSR1, SCARA1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P21757
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 20% PEG 8000, calcium

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 9366 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rpim(I) all: 0.171

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J02

6j02


解像度: 2.002→27.795 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 900 9.96 %
Rwork0.2076 8138 -
obs0.2119 9038 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.61 Å2 / Biso mean: 33.4639 Å2 / Biso min: 17.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→27.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数799 0 1 113 913
Biso mean--28.21 41.64 -
残基数----104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7791112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.17476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0021-2.12750.31941330.2487123090
2.1275-2.29170.32441410.2333130894
2.2917-2.52220.26891500.2206132197
2.5222-2.88680.25781510.2089139099
2.8868-3.63580.25491600.20941407100
3.6358-27.790.22011650.19131482100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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