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- PDB-7dpm: Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dpm
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with MW06 Fab
要素
  • Spike protein S1
  • heavy chain of MW06
  • light chain of MW06
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike / RBD / Antibody / ADE / VIRUS / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.304 Å
データ登録者Wang, J. / Jiao, S. / Wang, R. / Zhang, J. / Zhang, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2021
タイトル: Characterization of MW06, a human monoclonal antibody with cross-neutralization activity against both SARS-CoV-2 and SARS-CoV.
著者: Jiang, W. / Wang, J. / Jiao, S. / Gu, C. / Xu, W. / Chen, B. / Wang, R. / Chen, H. / Xie, Y. / Wang, A. / Li, G. / Zeng, D. / Zhang, J. / Zhang, M. / Wang, S. / Wang, M. / Gui, X.
履歴
登録2020年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: heavy chain of MW06
B: light chain of MW06
C: Spike protein S1
D: heavy chain of MW06
E: light chain of MW06
F: Spike protein S1
G: heavy chain of MW06
H: light chain of MW06
I: Spike protein S1
J: heavy chain of MW06
K: light chain of MW06
L: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,04116
ポリマ－291,80612
非ポリマー1,2344
水81145
1
A: heavy chain of MW06
B: light chain of MW06
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5224
ポリマ－72,9523
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: heavy chain of MW06
E: light chain of MW06
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1734
ポリマ－72,9523
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: heavy chain of MW06
H: light chain of MW06
I: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1734
ポリマ－72,9523
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: heavy chain of MW06
K: light chain of MW06
L: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1734
ポリマ－72,9523
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.130, 153.830, 172.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))
21(chain D and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))
31(chain G and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))
41chain J
12(chain B and resid 1 through 212)
22(chain E and resid 1 through 212)
32(chain H and resid 1 through 212)
42chain K
13(chain C and resid 333 through 527)
23(chain F and resid 333 through 527)
33(chain I and resid 333 through 527)
43(chain L and resid 333 through 527)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))AA1 - 1301 - 130
121GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))AA148 - 227148 - 227
211GLUGLUTHRTHR(chain D and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))DD1 - 1301 - 130
221GLYGLYPROPRO(chain D and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))DD148 - 227148 - 227
311GLUGLUTHRTHR(chain G and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))GG1 - 1301 - 130
321GLYGLYPROPRO(chain G and (resid 1 through 130 or resid 148 through 227))GG148 - 227148 - 227
411GLUGLUPROPROchain JJJ1 - 2271 - 227
112ASPASPGLYGLY(chain B and resid 1 through 212)BB1 - 2121 - 212
212ASPASPGLYGLY(chain E and resid 1 through 212)EE1 - 2121 - 212
312ASPASPGLYGLY(chain H and resid 1 through 212)HH1 - 2121 - 212
412ASPASPGLYGLYchain KKK1 - 2121 - 212
113THRTHRPROPRO(chain C and resid 333 through 527)CC333 - 52715 - 209
213THRTHRPROPRO(chain F and resid 333 through 527)FF333 - 52715 - 209
313THRTHRPROPRO(chain I and resid 333 through 527)II333 - 52715 - 209
413THRTHRPROPRO(chain L and resid 333 through 527)LL333 - 52715 - 209

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: 抗体
heavy chain of MW06


分子量: 24390.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
light chain of MW06


分子量: 23439.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 49分子 CFIL

#3: タンパク質
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25122.336 Da / 分子数: 4 / Fragment: RBD domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 12% EG, 0.1 M Citrate-Na, pH 3.5, 14% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 57134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 390068
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.426.41.21157140.6520.5181.3190.967100
3.42-3.556.70.88756890.7750.3710.9630.979100
3.55-3.727.10.65856600.8820.2650.710.991100
3.72-3.917.10.44457290.940.1790.4790.992100
3.91-4.1670.28256660.9740.1150.3050.987100
4.16-4.486.60.17656970.9860.0740.1910.971100
4.48-4.936.90.14357160.990.0580.1540.976100
4.93-5.647.10.12857370.990.0520.1380.976100
5.64-7.16.60.10957260.9910.0460.1190.98599.9
7.1-506.70.07858000.9950.0330.0850.9899.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG, 6JJP

6lzg

6jjp


解像度: 3.304→47.52 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 2795 4.91 %
Rwork0.2174 54152 -
obs0.2197 56947 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.28 Å2 / Biso mean: 95.113 Å2 / Biso min: 30.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.304→47.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19446 0 80 45 19571
Biso mean--103.96 51.5 -
残基数----2531
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3819X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
12D3819X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
13G3819X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
14J3819X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
21B4063X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
22E4063X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
23H4063X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
24K4063X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
31C3727X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
32F3727X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
33I3727X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
34L3727X-RAY DIFFRACTION9.892TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.304-3.36060.34881570.349248992
3.3606-3.42170.39761420.32472745100
3.4217-3.48750.35031440.30922673100
3.4875-3.55870.3351490.29512709100
3.5587-3.6360.30361540.28032692100
3.636-3.72060.32931650.26872690100
3.7206-3.81360.3281460.2682703100
3.8136-3.91670.31891190.24892754100
3.9167-4.03190.2571290.23632710100
4.0319-4.16190.29581340.21932722100
4.1619-4.31060.23341180.20712764100
4.3106-4.4830.23991350.18042716100
4.483-4.68690.20321100.17642733100
4.6869-4.93380.22551420.18382730100
4.9338-5.24250.21321380.17492731100
5.2425-5.64670.21331530.1842719100
5.6467-6.21380.26041500.1952707100
6.2138-7.11040.24331590.197270399
7.1104-8.94860.25141200.1966275699
8.9486-47.520.24061310.1998270697

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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