PDB-7dp6: Crystal structure of mutant V45T Brugia malayi thymidylate syntha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dp6

タイトル

Crystal structure of mutant V45T Brugia malayi thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine monophosphate

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

THYMIDYLATE SYNTHASE / NUCLEOTIDE SYNTHASE /

METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase /

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process /

メチル化
類似検索 - 分子機能

生物種

Brugia malayi (マレー糸状虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic investigation and inhibition of Brugia malayi thymidylate synthase by a folate analog
著者: Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dp6.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dp6.ent.gz	55.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dp4C 7dp5C 1hvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x4y-d 5x4w-d 4ez8-d 3cer-5 4skn-d 4iis-2 6el0-d 4uyz-2 4g2o-d 6ekw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.720, 80.720, 104.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / 分子量: 34524.414 Da / 分子数: 1 / 変異: V45T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bma-tyms-1.1, BM_BM7277 / プラスミド: PQE-30 XA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 [PREP4] / 参照: UniProt: A0A4E9EZW9, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 20 mM betamercaptoethanol, 8%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日 / 詳細: DCM
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 34055 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.028 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 51.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique obs: 3402 / CC_1/2: 0.876 / CC star: 0.966 / R_pim(I) all: 0.257 / R_rim(I) all: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy

解像度: 1.85→24.679 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.648 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	1723	5.067 %
R_work	0.1764	32284	-
all	0.178	-	-
obs	-	34007	99.485 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.835 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.502 Å²	0.251 Å²	0 Å²
2-	-	0.502 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2285	0	52	125	2462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.64	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	1.579	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.598	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.298	21.618	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.787	15	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.389	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.187	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.671	4.072	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.67	4.068	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.66	6.094	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.659	6.098	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.804	4.565	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.802	4.568	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.822	6.633	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.821	6.636	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.95	48.206	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.9	48.128	2655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.275	127	0.25	2361	X-RAY DIFFRACTION	99.6396
1.898-1.95	0.26	98	0.243	2314	X-RAY DIFFRACTION	99.7931
1.95-2.006	0.234	123	0.221	2260	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
2.006-2.068	0.224	126	0.209	2178	X-RAY DIFFRACTION	99.9566
2.068-2.136	0.254	115	0.207	2103	X-RAY DIFFRACTION	99.9099
2.136-2.211	0.264	101	0.202	2055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.204	114	0.191	1957	X-RAY DIFFRACTION	99.7111
2.294-2.388	0.228	98	0.186	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.494	0.208	109	0.185	1829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.615	0.227	82	0.171	1754	X-RAY DIFFRACTION	99.9456
2.615-2.757	0.216	94	0.18	1671	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
2.757-2.924	0.279	102	0.191	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.125	0.211	71	0.179	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.8093
3.125-3.375	0.201	84	0.169	1389	X-RAY DIFFRACTION	99.8644
3.375-3.696	0.179	83	0.155	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.564
3.696-4.131	0.149	60	0.147	1150	X-RAY DIFFRACTION	98.5342
4.131-4.767	0.2	49	0.142	1031	X-RAY DIFFRACTION	97.561
4.767-5.832	0.179	42	0.171	904	X-RAY DIFFRACTION	99.789
5.832-8.219	0.206	33	0.183	704	X-RAY DIFFRACTION	99.1925
8.219-24.679	0.195	12	0.195	358	X-RAY DIFFRACTION	81.6777

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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