PDB-7dp5: Crystal structure of mutant V45A Brugia malayi thymidylate syntha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dp5

タイトル

Crystal structure of mutant V45A Brugia malayi thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine monophosphate and methotrexate

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / THYMIDYLATE SYNTHASE / NUCLEOTIDE SYNTHASE / METHYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brugia malayi (マレー糸状虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic investigation and inhibition of Brugia malayi thymidylate synthase by a folate analog
著者: Keyunratsami, K. / Nualnoi, T. / Wongkamchai, S. / Songsiriritthigul, C. / Chen, C.-J. / Canyuk, B.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dp5.cif.gz	85.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dp5.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dp5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dp5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7dp5_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	7dp5_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dp4C 7dp6C 1hvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1so0-2 3pan-2 4rn2-1 4bzh-1 3f07-3 7dp4-d 4ez8-d 5eu0-d 5o3r-d 2dcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.281, 81.281, 105.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Thymidylate synthase 分子量: 34494.387 Da / 分子数: 1 / 変異: V45A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bma-tyms-1.1, BM_BM7277 / プラスミド: PQE-30 XA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 [PREP4] / 参照: UniProt: A0A4E9EZW9, thymidylate synthase

#1: タンパク質

Thymidylate synthase

分子量: 34494.387 Da / 分子数: 1 / 変異: V45A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bma-tyms-1.1, BM_BM7277 / プラスミド: PQE-30 XA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 [PREP4] / 参照: UniProt: A0A4E9EZW9, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.9 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日 / 詳細: DCM
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 53607 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 34.73
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Num. unique obs: 5288 / CC_1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / R_pim(I) all: 0.259 / R_rim(I) all: 0.552

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy

解像度: 1.6→23.754 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.369 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	2722	5.082 %
R_work	0.1709	50843	-
all	0.172	-	-
obs	-	53565	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.129 Å²	0.065 Å²	-0 Å²
2-	-	0.129 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.419 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2296	0	73	253	2622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.66	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.346	1.59	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.327	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.531	21.915	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.472	15	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.941	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.214	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.309	2.159	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.304	2.155	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.157	3.228	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.156	3.228	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.736	2.432	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.735	2.434	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.798	3.545	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.798	3.547	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.116	26.16	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.03	25.645	2797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.248	193	0.241	3715	X-RAY DIFFRACTION	99.7957
1.641-1.686	0.251	202	0.226	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.734	0.235	195	0.223	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.734-1.788	0.197	167	0.197	3411	X-RAY DIFFRACTION	99.9721
1.788-1.846	0.236	169	0.2	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.9718
1.846-1.911	0.213	185	0.193	3175	X-RAY DIFFRACTION	99.9702
1.911-1.983	0.22	172	0.192	3126	X-RAY DIFFRACTION	99.9697
1.983-2.064	0.186	152	0.179	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.064-2.156	0.21	150	0.178	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.156-2.261	0.201	149	0.171	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.383	0.155	143	0.155	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.8917
2.383-2.528	0.171	130	0.163	2489	X-RAY DIFFRACTION	99.8856
2.528-2.702	0.176	116	0.16	2357	X-RAY DIFFRACTION	99.9192
2.702-2.918	0.188	111	0.167	2193	X-RAY DIFFRACTION	99.9566
2.918-3.196	0.187	112	0.17	2026	X-RAY DIFFRACTION	99.9533
3.196-3.572	0.195	112	0.159	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-4.123	0.165	86	0.142	1640	X-RAY DIFFRACTION	99.8265
4.123-5.045	0.16	89	0.137	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.8641
5.045-7.117	0.194	59	0.176	1105	X-RAY DIFFRACTION	100
7.117-23.754	0.172	30	0.172	609	X-RAY DIFFRACTION	91.6786

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