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- PDB-7dp1: Crystal structure of FMN and NADPH-dependent nitroreductase NfnB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dp1
タイトルCrystal structure of FMN and NADPH-dependent nitroreductase NfnB mutant Y88A derived from sphigopyxis sp. strain HMH
要素Nitroreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / dinitroaniline herbicides reductase
機能・相同性Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Nitroreductase family protein
機能・相同性情報
生物種Sphingopyxis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00349582522 Å
データ登録者Kim, S.H. / Park, S. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A4A1018890 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure and substrate specificity determinants of NfnB, a dinitroaniline herbicide-catabolizing nitroreductase from Sphingopyxis sp. strain HMH.
著者: Kim, S.H. / Park, S. / Park, E. / Kim, J.H. / Ghatge, S. / Hur, H.G. / Rhee, S.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase family protein
B: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3574
ポリマ－51,4442
非ポリマー9132
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.825, 90.825, 102.225
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUTYRTYRchain 'A'AA9 - 1089 - 108
12ALAALAPHEPHEchain 'A'AA119 - 231119 - 231
23LEULEUTYRTYRchain 'B'BB9 - 1089 - 108
24ALAALAPHEPHEchain 'B'BB119 - 231119 - 231

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要素

#1: タンパク質 Nitroreductase family protein / nitroreductase / NfnB


分子量: 25722.197 Da / 分子数: 2 / 変異: Y88A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingopyxis sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2L0VUJ4
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH7.0, 40% PEG300, 8% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29391 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 36.9420219667 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 19.44
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2867 / CC1/2: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WZW

2wzw


解像度: 2.00349582522→31.9036119211 Å / SU ML: 0.279365551014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33784634817 / 位相誤差: 26.417308092
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256964955106 1998 6.81283458929 %
Rwork0.199787080119 27329 -
obs0.20364580849 29327 99.8807983107 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.0660482769 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00349582522→31.9036119211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3367 0 62 57 3486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008351324354413519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.210513941824790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495308774919494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00674398252186625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.91566592351266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0035-2.05360.3681728796341380.3127940464031885X-RAY DIFFRACTION99.2639842983
2.0536-2.10910.3220321680171410.3064033139441927X-RAY DIFFRACTION99.9516674722
2.1091-2.17120.3708749366231400.2812248658461917X-RAY DIFFRACTION100
2.1712-2.24120.2863496098231400.261111362071920X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.32130.291738409911410.2488961352661921X-RAY DIFFRACTION100
2.3213-2.41420.3137740895841410.2379523959621934X-RAY DIFFRACTION100
2.4142-2.5240.2799854153391430.2378409621971938X-RAY DIFFRACTION100
2.524-2.6570.2548888518861400.2154888013531924X-RAY DIFFRACTION100
2.657-2.82340.2754418364531420.2079928530331944X-RAY DIFFRACTION99.9520843316
2.8234-3.04130.2527073722631440.1887229861311959X-RAY DIFFRACTION100
3.0413-3.3470.2617850393151430.1997007862531963X-RAY DIFFRACTION99.9525391552
3.347-3.83070.2067689428461440.1764222820651973X-RAY DIFFRACTION100
3.8307-4.82350.2343512581151480.1639300221852011X-RAY DIFFRACTION100
4.8235-31.90.2480218981651530.1830974002522113X-RAY DIFFRACTION99.2988606486
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.6505946731 Å / Origin y: -18.338131681 Å / Origin z: -0.180391456691 Å
111213212223313233
T0.207135960232 Å2-0.00148362669834 Å2-0.00566310943058 Å2-0.218781877999 Å2-0.0107764967947 Å2--0.228521489175 Å2
L2.40733626587 °20.504425117506 °2-0.481121867466 °2-3.53999276713 °2-1.49352018941 °2--4.24051435334 °2
S0.0927976915164 Å °-0.123643073835 Å °0.0594958602104 Å °0.0822728219886 Å °-0.0298480784975 Å °-0.0115928915821 Å °-0.195002965483 Å °0.147801196108 Å °-0.0534280297357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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