+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dnu | ||||||
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Title | mRNA-decapping enzyme g5Rp with inhibitor insp6 complex | ||||||
Components | mRNA-decapping protein g5R | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / mRNA-decapping enzyme g5Rp with inhibitor insp6 complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / host cell rough endoplasmic reticulum / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases / metabolic process / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | African swine fever virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.245 Å | ||||||
Authors | Yang, Y. / Chen, C. / Li, L. / Li, X.H. / Su, D. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2022 Title: Structural Insight into Molecular Inhibitory Mechanism of InsP 6 on African Swine Fever Virus mRNA-Decapping Enzyme g5Rp. Authors: Yang, Y. / Zhang, C. / Li, X. / Li, L. / Chen, Y. / Yang, X. / Zhao, Y. / Chen, C. / Wang, W. / Zhong, Z. / Yang, C. / Huang, Z. / Su, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dnu.cif.gz | 124 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dnu.ent.gz | 95 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dnu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7dntSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29915.621 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) Gene: Ba71V-102, D250R / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P32092, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase |
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#2: Chemical | ChemComp-IHP / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 1M imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.245→50 Å / Num. obs: 13490 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 2.878 / Net I/σ(I): 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7DNT Resolution: 2.245→23.92 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 173.63 Å2 / Biso mean: 48.2458 Å2 / Biso min: 18.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.245→23.92 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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