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万見
- PDB-7dnt: mRNA-decapping enzyme g5Rp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnt
タイトルmRNA-decapping enzyme g5Rp
要素mRNA-decapping protein g5R
キーワードVIRAL PROTEIN / mRNA-decapping enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / host cell rough endoplasmic reticulum / metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA-decapping protein g5R
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, Y. / Chen, C. / Li, L. / Li, X.H. / Su, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370735 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into Molecular Inhibitory Mechanism of InsP 6 on African Swine Fever Virus mRNA-Decapping Enzyme g5Rp.
著者: Yang, Y. / Zhang, C. / Li, X. / Li, L. / Chen, Y. / Yang, X. / Zhao, Y. / Chen, C. / Wang, W. / Zhong, Z. / Yang, C. / Huang, Z. / Su, D.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping protein g5R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4311
ポリマ－30,4311
非ポリマー00
水50428
1
A: mRNA-decapping protein g5R

A: mRNA-decapping protein g5R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8632
ポリマ－60,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.083, 105.113, 49.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

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要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping protein g5R / g5Rp / ASFV-DP / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase / DIPP


分子量: 30431.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-102, D250R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32092, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.8), 0.54M magnesium formate dihydrate, 10% (v/v) 1,2-butanediol as an additive reagent

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 17165 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 2.049 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.40.3052480.920.1570.3460.72748.8
2.54-2.593.60.4283160.8920.2080.480.60360.3
2.59-2.6440.4353720.8970.20.4830.6270.7
2.64-2.694.30.3953960.8470.20.4480.90577
2.69-2.7550.3774510.9710.1530.410.63987.2
2.75-2.825.20.3454600.9610.140.3750.67890.7
2.82-2.897.10.345200.9770.1240.3640.60598.1
2.89-2.968.80.3565180.9830.1210.3770.6899.6
2.96-3.0510.20.3625180.9770.1160.3810.642100
3.05-3.1510.90.2775230.9850.0870.2910.779100
3.15-3.2611.50.2545230.9930.0770.2650.856100
3.26-3.3911.30.1935250.9940.060.2020.99399.8
3.39-3.5511.20.1725250.990.0540.181.28199.8
3.55-3.739.70.1415320.9930.0470.1491.68599.4
3.73-3.9712.20.1175240.9950.0350.1231.91100
3.97-4.2712.20.0965310.9970.0290.12.2899.8
4.27-4.711.70.0885380.9980.0270.0922.67999.8
4.7-5.3810.10.0835450.9980.0270.0873.01499.6
5.38-6.7811.40.1055530.9970.0320.114.499.6
6.78-509.50.0766030.9970.0250.0817.74299.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.715 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 1738 10.13 %
Rwork0.1939 15427 -
obs0.2029 17165 87.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.48 Å2 / Biso mean: 59.5894 Å2 / Biso min: 19.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 0 28 2054
Biso mean---48.7 -
残基数----243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.57290.3897650.29755037
2.5729-2.65590.4465980.314184659
2.6559-2.75070.33781290.2844107874
2.7507-2.86080.31691390.2517127286
2.8608-2.99090.31151590.2871146098
2.9909-3.14840.34361640.24911453100
3.1484-3.34540.33581590.22171451100
3.3454-3.60330.29171650.19061471100
3.6033-3.96510.23991660.17681463100
3.9651-4.53720.26051640.1471476100
4.5372-5.70970.27311630.15031452100
5.7097-29.7150.24541670.1782145599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39732.06740.87683.03582.50254.1235-0.02120.19760.44280.1013-0.37010.61210.0501-0.17340.12010.14010.0043-0.04280.27550.00620.299321.575240.970213.7124
21.899-1.42741.00243.2026-0.91772.5241-0.372100.03051.6272-0.1038-0.53860.23270.12460.1550.90020.0006-0.10390.30670.0310.334.339141.308332.2987
32.79721.2371-1.18524.93580.24454.8453-0.0514-0.01430.1682-0.23390.04120.63640.45890.0443-0.04550.17810.0012-0.04970.2324-0.01890.381817.731138.380810.4457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 42 )A6 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 139 )A43 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 248 )A140 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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