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万見
- PDB-7dns: Crystal structure of domain-swapped dimer of H5_Fold-0 Elsa; de n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dns
タイトルCrystal structure of domain-swapped dimer of H5_Fold-0 Elsa; de novo designed protein with an asymmetric all-alpha topology
要素de novo designed protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Design / All-alpha protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.327 Å
データ登録者Suzuki, K. / Kobayashi, N. / Murata, T. / Sakuma, K. / Kosugi, T. / Koga, R. / Koga, N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Design of complicated all-alpha protein structures
著者: Sakuma, K. / Kobayashi, N. / Sugiki, T. / Nagashima, T. / Fujiwara, T. / Suzuki, K. / Kobayashi, N. / Murata, T. / Kosugi, T. / Koga, R. / Koga, N.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 2.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed protein
B: de novo designed protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4973
ポリマ－22,4052
非ポリマー921
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.980, 33.660, 58.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 de novo designed protein


分子量: 11202.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.4 M MgCl2, 0.1 M Tris (pH 7.5), 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.327→45.912 Å / Num. obs: 7770 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.41 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.33-2.474.480.4832.5411470.8710.54892.3
2.47-2.646.130.3624.4211680.9490.39699.8
2.64-2.857.060.2517.0211140.9750.271100
2.85-3.127.080.16711.1410080.9870.1899.9
3.12-3.497.060.1116.319290.9930.119100
3.49-4.027.940.07521.688200.9960.08299.9
4.02-4.916.280.05726.627030.9960.06599.9
4.91-6.916.960.06128.575520.9950.066100
6.91-45.916.520.05234.533290.9970.05699.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.327→45.912 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 389 5.01 %
Rwork0.2066 7378 -
obs0.2086 7767 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.28 Å2 / Biso mean: 57.5718 Å2 / Biso min: 22.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.327→45.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 6 16 1444
Biso mean--84.01 45.8 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5171932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.636904
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3272-2.66390.30381240.2696234796
2.6639-3.35610.29441310.23642486100
3.3561-45.9120.21611340.18082545100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.76651.2046-0.69019.561-5.01539.0646-0.09960.74230.1455-0.63310.59170.9984-0.3599-0.6366-0.42680.32330.0074-0.07410.35380.01550.47454.67511.192421.3021
22.72930.6302-0.41069.3686-1.88674.0667-0.05760.121-0.0321-0.5245-0.1113-0.50850.23180.0470.15480.2343-0.0254-0.0710.2769-0.0170.424310.2761-0.561224.65
34.60212.3253-4.61529.9175-2.59794.59550.3229-0.24640.46490.5631-0.81391.0760.1546-0.77690.39060.6115-0.2273-0.07330.5997-0.08930.65455.5428-2.817249.6599
47.6133-1.5936-0.9653.37261.62137.7453-0.0031-0.33230.96280.0663-0.1743-0.1957-0.2752-0.43180.2580.4163-0.0284-0.00960.3959-0.00690.369816.4786.445452.7474
56.1055-1.341-3.8858.63875.90869.85240.1951-0.551-0.1190.8335-0.22790.43770.15790.32690.00710.61180.01720.01980.38530.11210.35114.63290.619356.6761
62.95160.2413-0.85792.8663-5.43262.0540.13160.28840.03390.1551-0.56991.3921-0.6223-1.13050.33580.6560.03280.03230.7394-0.22440.80314.27447.385252.82
74.2716-0.3299-4.18634.29542.57698.93480.3412-0.13370.0765-0.0871-0.0264-0.105-0.76290.0004-0.21570.34970.028-0.06840.2709-0.00820.500916.75563.074733.5841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 76 )A25 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 90 )A77 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 29 )B3 - 29
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 45 )B30 - 45
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 46 through 63 )B46 - 63
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 90 )B64 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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