+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dnn | ||||||
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Title | Crystal structure of the AgCarB2-C2 complex with homoorientin | ||||||
Components |
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Keywords | METAL BINDING PROTEIN / C-glycosidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Senda, M. / Kumano, T. / Watanabe, S. / Kobayashi, M. / Senda, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural basis for the metabolism of xenobiotic C-glycosides by intestinal bacteria Authors: Mori, T. / Kumano, T. / He, K. / Awakawa, T. / Watanabe, S. / Hori, S. / Terashita, Y. / Hashimoto, Y. / Senda, M. / Senda, T. / Kobayashi, M. / Abe, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dnn.cif.gz | 454.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dnn.ent.gz | 322.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dnn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules APBQ
#1: Protein | Mass: 40192.383 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) Gene: ARGLB_075_00530 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: H0QPL9 #2: Protein | Mass: 16599.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) Gene: ARGLB_075_00520 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: H0QPL8 |
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-Non-polymers , 4 types, 178 molecules
#3: Chemical | ChemComp-H9R / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 25%(w/v) PEG4000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M Potassium Iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2019 |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→47.97 Å / Num. obs: 94668 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 45.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.49 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.852 / Num. unique obs: 13699 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.25→36.17 Å / SU ML: 0.3076 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / Phase error: 27.7391 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→36.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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