+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dnm | ||||||
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Title | Crystal structure of the AgCarB2-C2 complex | ||||||
Components |
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Keywords | METAL BINDING PROTEIN / C-glycosidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Senda, M. / Kumano, T. / Watanabe, S. / Kobayashi, M. / Senda, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural basis for the metabolism of xenobiotic C-glycosides by intestinal bacteria Authors: Mori, T. / Kumano, T. / He, K. / Awakawa, T. / Watanabe, S. / Hori, S. / Terashita, Y. / Hashimoto, Y. / Senda, M. / Senda, T. / Kobayashi, M. / Abe, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dnm.cif.gz | 446.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dnm.ent.gz | 314.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dnm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40192.383 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) Gene: ARGLB_075_00530 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: H0QPL9 #2: Protein | Mass: 16599.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (bacteria) Gene: ARGLB_075_00520 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: H0QPL8 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 25%(w/v) PEG4000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M Potassium Iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1.85 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2020 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.85 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→47.18 Å / Num. obs: 81699 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 28.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 7.68 / Num. unique obs: 10952 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→47.18 Å / SU ML: 0.241 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.7171 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→47.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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