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- PDB-7dl5: Crystal structure of Thermotoga Maritima ferritin mutant at 2.3 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dl5
タイトルCrystal structure of Thermotoga Maritima ferritin mutant at 2.3 Angstrom resolution
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, Y. / Leng, X. / Zang, J. / Zhao, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 31671805 and 31730069 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: A short helix regulates conversion of dimeric and 24-meric ferritin architectures.
著者: Liu, Y. / Zang, J. / Leng, X. / Zhao, G.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ferritin
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,86410
ポリマ－34,6072
非ポリマー2588
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.093, 107.093, 110.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-202-

MG

21A-203-

MG

31H-345-

HOH

41H-375-

HOH

51A-350-

HOH

61A-369-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 17303.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4FEM0, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 1.6M Magnesium Sulfate Hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.61 Å / Num. obs: 20913 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 38.22 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.384 Å / Num. unique obs: 2059 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VLG

1vlg


解像度: 2.3→29.61 Å / SU ML: 0.2783 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.5291
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 2013 9.63 %
Rwork0.1777 18891 -
obs0.1824 20904 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 8 151 2570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76823349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5301319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.28831390.21171313X-RAY DIFFRACTION98.04
2.36-2.420.25631420.19181362X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.23211490.19551368X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.23631420.18431359X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.22781450.18521356X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.770.28891410.18571330X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.27271440.18231365X-RAY DIFFRACTION99.8
2.9-3.050.20921440.17571343X-RAY DIFFRACTION99.93
3.05-3.240.26381430.17971355X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.20651440.18061347X-RAY DIFFRACTION99.93
3.49-3.840.23081450.17141360X-RAY DIFFRACTION99.87
3.84-4.40.21391440.1711343X-RAY DIFFRACTION99.8
4.4-5.530.18481440.17061353X-RAY DIFFRACTION99.67
5.54-29.610.23251470.17331337X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.4052487341 Å / Origin y: -14.7261557493 Å / Origin z: 36.4947159836 Å
111213212223313233
T0.31912204809 Å20.0317497008637 Å2-0.0131425006114 Å2-0.284196623101 Å2-0.0120915310943 Å2--0.340355325181 Å2
L1.13025150986 °20.439135454683 °20.246182337634 °2-0.624328660192 °20.128978608324 °2--0.40211929884 °2
S0.024030226488 Å °0.034385381744 Å °-0.0496193982163 Å °0.0365474649942 Å °-0.0213206150059 Å °-0.0342570106873 Å °0.0285022404241 Å °0.0417013673157 Å °-0.00284403775843 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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