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Yorodumi- PDB-1vlg: Crystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1vlg | ||||||
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Title | Crystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution | ||||||
Components | ferritin | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / TM1128 / FERRITIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Ferritin (TM1128) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1vlg.cif.gz | 294.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1vlg.ent.gz | 240.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1vlg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1eumS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20863.479 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / Gene: TM1128 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9X0L2 #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 6 Details: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 6.00 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.024664 |
Detector | Type: ADSC / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2003 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.024664 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→87.73 Å / Num. obs: 140898 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 38.06 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EUM Resolution: 2→87.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.132 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. STRANGE DENSITY NEAR RESIDUE A23. GLYCEROL AND SULFATE ION IN THE MODEL ARE DERIVED FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.15 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→87.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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