+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dkj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / neutralizing antibody / Influenza A virus / Hemagglutinin / Fv-clasp / Okuda | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Shirouzu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody 著者: Makino-Okamura, C. / Hata, H. / Watanabe, T. / Kim, S. / Hebrard, M. / Sato, R. / Yan, M. / Onodera, T. / Takahashi, Y. / Li, Q. / Taylor, T. / Okuno, Y. / Kurosaki, T. / Tomabechi, Y. / ...著者: Makino-Okamura, C. / Hata, H. / Watanabe, T. / Kim, S. / Hebrard, M. / Sato, R. / Yan, M. / Onodera, T. / Takahashi, Y. / Li, Q. / Taylor, T. / Okuno, Y. / Kurosaki, T. / Tomabechi, Y. / Uchikubo-Kamo, T. / Kamada, K. / Shirouzu, M. / Fukuyama, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dkj.cif.gz | 464.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7dkj.ent.gz | 368 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dkj_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7dkj_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dkj_validation.xml.gz | 81.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dkj_validation.cif.gz | 120.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67423.797 Da / 分子数: 3 / 変異: L35C, Y106F, N111S, G387C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Okuda/1957(H2N2) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 詳細 (発現宿主): gp67 secretion signal sequence on N-terminal. Thrombin-Foldon-AviTag-6xHis on C-terminal. 細胞株 (発現宿主): Hi-Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0A7E4R0 #2: 抗体 | 分子量: 23083.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCR2.1-dT7P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 21287.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCR2.1-dT7P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hemagglutinin Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2) bound with a neutralizing antibody タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.29 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Okuda/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia n |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2043 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1768385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52314 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 141.37 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Corelation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|