PDB-7dki: Silk worm FKBP, isoform-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dki

タイトル

Silk worm FKBP, isoform-1

要素

Peptidylprolyl isomerase

キーワード

ISOMERASE / FK506 binding / slikworm

機能・相同性

: / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / sarcoplasmic reticulum membrane / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / peptidylprolyl isomerase

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yuchi, Z. / Nayak, B.C.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31972287	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2017YFD0201400, 2017YFD0201403	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	2019B2-0017	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Silk worm FKBP, isoform-1
著者: Yuchi, Z. / Nayak, B.C.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dki.cif.gz	60.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dki.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fkbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1j4i-d 1fkg-d 4iqc-1 4xyo-d 7dki-2 1d7j-2 1j4h-d 1fkd-d 5vk0-6 6h8o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidylprolyl isomerase

B: Peptidylprolyl isomerase

ヘテロ分子

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidylprolyl isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidylprolyl isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.409, 52.409, 77.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Peptidylprolyl isomerase / FK-506 binding protein / Isoform 1 分子量: 11976.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: 732917 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HQ55, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16023 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 0.472 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 74774

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.2	0.445	802	0.823	0.286	0.531	0.45	99.8
2.03-2.07	3.5	0.38	795	0.849	0.235	0.449	0.455	100
2.07-2.11	3.7	0.44	781	0.853	0.261	0.513	0.476	100
2.11-2.15	3.9	0.371	803	0.906	0.214	0.43	0.458	100
2.15-2.2	4.1	0.307	816	0.947	0.17	0.352	0.459	100
2.2-2.25	4.2	0.31	769	0.933	0.17	0.354	0.476	100
2.25-2.31	4.2	0.287	799	0.936	0.157	0.328	0.458	99.9
2.31-2.37	4.7	0.277	841	0.95	0.142	0.312	0.461	100
2.37-2.44	5.1	0.269	789	0.956	0.132	0.3	0.463	100
2.44-2.52	5.2	0.246	823	0.962	0.119	0.274	0.468	100
2.52-2.61	5.1	0.209	768	0.975	0.102	0.233	0.439	100
2.61-2.71	5	0.183	803	0.982	0.091	0.205	0.445	100
2.71-2.84	4.8	0.161	818	0.983	0.082	0.181	0.451	100
2.84-2.99	5.2	0.124	777	0.988	0.06	0.138	0.46	100
2.99-3.17	5.3	0.095	818	0.995	0.045	0.106	0.464	100
3.17-3.42	5.2	0.073	790	0.997	0.035	0.081	0.483	100
3.42-3.76	4.9	0.06	820	0.997	0.03	0.067	0.523	100
3.76-4.31	5.4	0.052	797	0.998	0.025	0.058	0.518	100
4.31-5.43	5.1	0.047	803	0.998	0.023	0.053	0.522	100
5.43-50	5.2	0.05	811	0.998	0.025	0.056	0.485	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3247	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fkb

1fkb

解像度: 2→45.388 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1512	9.92 %
R_work	0.1547	13729	-
obs	0.1592	15241	95.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.93 Å² / B_iso mean: 22.7056 Å² / B_iso min: 11.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→45.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1630	0	28	198	1856
B_iso mean	-	-	26.91	29.96	-
残基数	-	-	-	-	214

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0644	0.2423	128	0.1865	1177	90
2.0644-2.1382	0.236	131	0.1832	1173	90
2.1382-2.2238	0.2463	143	0.1642	1189	92
2.2238-2.325	0.2133	144	0.1598	1227	93
2.325-2.4476	0.2114	132	0.1587	1235	94
2.4476-2.6009	0.2136	134	0.1646	1287	96
2.6009-2.8017	0.219	146	0.1779	1232	96
2.8017-3.0836	0.2378	137	0.165	1316	98
3.0836-3.5297	0.2242	135	0.1561	1289	99
3.5297-4.4464	0.1591	141	0.1282	1307	100
4.4464-45.388	0.1423	141	0.1414	1297	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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