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- PDB-7djq: Crystal Structure of O-acetyl L-serine sulfhydrylase from Haemoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7djq
タイトルCrystal Structure of O-acetyl L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with C-Terminal peptide of ribosomal S4 Domain protein from Lactobacillus salivarius.
要素
  • C-Terminal peptide of ribosomal S4 Domain protein
  • Cysteine synthase
キーワードTRANSFERASE / Complex / Enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein, HP1423 type / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / S4 RNA-binding domain profile. ...RNA-binding protein, HP1423 type / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding S4 domain-containing protein / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Lactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Saini, N. / Rahisuddin, R. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Moonlighting Biochemistry of Cysteine Synthase: A Species-specific Global Regulator.
著者: Singh, R.P. / Saini, N. / Sharma, G. / Rahisuddin, R. / Patel, M. / Kaushik, A. / Kumaran, S.
履歴
登録2020年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: C-Terminal peptide of ribosomal S4 Domain protein
B: Cysteine synthase
A: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7466
ポリマ－75,6773
非ポリマー693
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.080, 98.940, 70.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド C-Terminal peptide of ribosomal S4 Domain protein


分子量: 1188.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1V9TQZ2
#2: タンパク質 Cysteine synthase / O-acetyl L-serine sulfhydrylase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase


分子量: 37244.453 Da / 分子数: 2 / Mutation: D67E/A68P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
遺伝子: cysK, HI_1103
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 100mM HEPES buffer pH 7.4, 1.4M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月19日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.86 Å / Num. obs: 28307 / % possible obs: 97.66 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 19.86 Å2 / CC1/2: 0.855 / CC star: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Num. unique obs: 2705 / CC1/2: 0.826 / CC star: 0.951 / % possible all: 94.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HO1

4ho1


解像度: 2.3→40.86 Å / SU ML: 0.2184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1909 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1351 4.85 %
Rwork0.1893 26526 -
obs0.1912 27877 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4455 0 3 125 4583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01474522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51636140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.03622737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.26451270.19262578X-RAY DIFFRACTION94.98
2.38-2.480.24391210.19262594X-RAY DIFFRACTION94.86
2.48-2.590.25271280.19622570X-RAY DIFFRACTION95.57
2.59-2.730.25861500.2072577X-RAY DIFFRACTION96.33
2.73-2.90.24751280.19792639X-RAY DIFFRACTION97.4
2.9-3.120.24511590.20582670X-RAY DIFFRACTION99.02
3.12-3.440.21751330.20842695X-RAY DIFFRACTION99.54
3.44-3.930.21231240.16992732X-RAY DIFFRACTION99.55
3.93-4.950.19621410.1622712X-RAY DIFFRACTION99.83
4.95-100.22381400.19812759X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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