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- PDB-7dji: Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dji
タイトルCrystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine binding protein (AChBP) complexed with Paraherquamide A
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Paraherquamide A / acetylcholine binding protein / nicotinic acetylcholine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Paraherquamide A / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ihara, M. / Matsuda, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H01472 日本
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2023
タイトル: Determinants of subtype-selectivity of the anthelmintic paraherquamide A on Caenorhabditis elegans nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Koizumi, W. / Otsubo, S. / Furutani, S. / Niki, K. / Takayama, K. / Fujimura, S. / Maekawa, T. / Koyari, R. / Ihara, M. / Kai, K. / Hayashi, H. / Ali, M.S. / Kage-Nakadai, E. / Sattelle, D.B. / Matsuda, K.
履歴
登録2020年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,67815
ポリマ－121,1045
非ポリマー3,57410
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14180 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area43850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.373, 74.373, 349.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 24220.826 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pPICZ alpha / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物
ChemComp-H8U / Paraherquamide A / パラヘルクアミドA


分子量: 493.595 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N3O5
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % / 解説: Rod
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 14.1-15.6% PEG 4000, Sodium Citrate buffer pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.374 Å / Num. obs: 55263 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211data processing
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZJU

2zju


解像度: 2.2→47.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 13.842 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.214
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS. 2. EXTRA H ATOM ON H8U IS PROTONATION OF TERT-AMINE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 2734 4.959 %
Rwork0.185 --
obs-55135 99.9 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.565 Å20.282 Å20 Å2
2--0.565 Å20 Å2
3----1.832 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8176 0 250 486 8912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0187894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.69611948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.151.62518169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.48151027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39122.029478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.299151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6041569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.24109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8723.1164105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8723.1164103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5714.675124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5714.675124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7073.2094573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7073.2094573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2544.7736821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2544.7736822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 196 -
Rwork0.268 3906 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32140.121-0.810.9250.36022.5874-0.085-0.0937-0.2803-0.0877-0.0216-0.17030.3560.08750.10660.16770.00610.07580.08180.01330.1039-35.1483-22.452517.8855
21.2251-0.4582-0.22522.0467-0.32223.2911-0.03660.1501-0.081-0.0956-0.010.24820.1118-0.3790.04660.0203-0.0476-0.00220.155-0.03130.0361-56.1929-6.192722.472
31.30030.45280.62720.92730.31792.75180.00210.15390.4096-0.09880.07520.1539-0.4126-0.176-0.07730.13440.01010.06280.17670.02650.181-47.155819.570923.3599
42.4681-0.1559-0.32691.4548-0.32173.1043-0.0211-0.01150.2279-0.17920.0539-0.1755-0.20840.1716-0.03280.1344-0.09280.07750.1549-0.05050.1218-20.439319.377719.7061
51.18460.3617-0.04472.11820.23263.0528-0.076-0.0773-0.142-0.19150.0393-0.5289-0.08910.38510.03670.09780.00370.12150.28410.02020.2317-13.1587-6.574316.3587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 205
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 206
4X-RAY DIFFRACTION2B401
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 205
6X-RAY DIFFRACTION3C401
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 205
8X-RAY DIFFRACTION4D401
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 205
10X-RAY DIFFRACTION5E401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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