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万見
- PDB-7dj2: Crystal structure of the G26C/E290S mutant of LeuT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dj2
タイトルCrystal structure of the G26C/E290S mutant of LeuT
要素Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Neurotransmitter transporter / NSS / SLC6
機能・相同性nitrogen compound transport / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / LEUCINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fan, J. / Xiao, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of LeuT reveal conformational dynamics in the outward-facing states.
著者: Fan, J. / Xiao, Y. / Quick, M. / Yang, Y. / Sun, Z. / Javitch, J.A. / Zhou, X.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
B: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8078
ポリマ－114,9132
非ポリマー8936
水3,729207
1
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9034
ポリマ－57,4571
非ポリマー4473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
2
B: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9034
ポリマ－57,4571
非ポリマー4473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.327, 110.707, 87.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) / LeuT


分子量: 57456.742 Da / 分子数: 2 / 変異: G26C/E290S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#2: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Mg2+-formate dihydrate, 0.1 M Na+-MOPS pH 7.0, 17% (w/v) PEG 3350 and 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.649 Å / Num. obs: 60625 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 208585
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4423.20.698947629870.730.4660.8421.699.7
6.51-46.6493.30.0491025330870.9960.0320.05818.498.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A65

2a65


解像度: 2.4→43.329 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 2999 4.95 %
Rwork0.2117 57579 -
obs0.213 60578 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.14 Å2 / Biso mean: 44.9052 Å2 / Biso min: 22.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→43.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7827 0 60 207 8094
Biso mean--58.51 47.82 -
残基数----986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4002-2.43950.29551440.28262712100
2.4395-2.48160.3021500.26172736100
2.4816-2.52670.26851420.25362705100
2.5267-2.57530.28351580.24982764100
2.5753-2.62790.27171440.24372713100
2.6279-2.6850.26531100.23882758100
2.685-2.74750.24951490.23232727100
2.7475-2.81620.24791620.22322718100
2.8162-2.89230.23341440.22352714100
2.8923-2.97740.2721320.21432765100
2.9774-3.07350.26481340.21642771100
3.0735-3.18330.2551630.2252698100
3.1833-3.31070.24831460.21482746100
3.3107-3.46130.22931350.20692766100
3.4613-3.64370.24481480.19982725100
3.6437-3.87190.21381380.20352736100
3.8719-4.17060.24941220.20472803100
4.1706-4.58990.24731430.19862752100
4.5899-5.2530.20671440.18012748100
5.253-6.61450.24781360.21642780100
6.6145-43.3290.18211550.1936274297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16630.5122-0.3930.8902-0.43571.4970.0757-0.02970.08780.10690.0180.0211-0.1053-0.0022-0.09680.25420.0207-0.02120.26010.00550.4017-8.455718.5647-8.8538
21.29450.66640.06381.1166-0.15870.66320.0771-0.0462-0.01630.1218-0.0015-0.0689-0.00850.0222-0.06720.22470.0332-0.01750.2257-0.02280.3375-4.638920.5643-11.5076
32.4509-0.02052.22831.3967-0.67033.90490.146-0.3714-0.16720.47960.03520.24910.046-0.3369-0.1660.3392-0.00270.10090.31040.01680.3856-21.011112.56311.2511
42.6432.14512.02034.42071.61.5449-1.8725-1.7574-1.0095-1.66090.1621-0.90870.0813-2.62311.75880.53820.08120.03320.65390.06140.2693-7.86618.2059-8.1417
51.0044-0.6649-0.31451.37280.47520.81490.11640.10110.087-0.159-0.056-0.0188-0.067-0.1007-0.04890.2567-0.0143-0.010.3238-0.0110.4682-46.79889.6389-37.1568
61.2579-0.28840.13521.41550.1380.76170.09820.1768-0.0298-0.1747-0.0970.10410.0077-0.0584-0.0090.2409-0.01-0.00260.32680.00770.3675-50.857813.2573-36.0746
71.85710.9182.01492.69952.03032.88360.10830.1854-0.1745-0.23650.0047-0.17630.08540.0926-0.13470.22060.00680.06530.3259-0.02650.4117-34.11550.4184-42.5803
86.6617-6.19681.57996.3257-0.47492.1375-1.50370.6276-1.68140.50832.2972.7826-1.11820.2566-0.80540.47870.01320.17420.691-0.01690.8672-47.57879.5834-37.371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 152 )A5 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 409 )A153 - 409
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 410 through 508 )A410 - 508
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 601 through 601 )A601
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 152 )B5 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 153 through 409 )B153 - 409
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 410 through 508 )B410 - 508
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 601 through 601 )B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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