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- PDB-7dim: Structure of PfGrx1 with cadmium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dim
タイトルStructure of PfGrx1 with cadmium
要素Glutaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / REDOX ENZYME / TRX FOLD / GLUTATHIONE / Cd-SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase (glutathione) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / glutathione disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutaredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Manickam, Y. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interaction of metals with PfGrx1
著者: Manickam, Y. / Sharma, A.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,29618
ポリマ－12,4361
非ポリマー1,86017
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.350, 48.350, 83.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutaredoxin / Glutaredoxin 1


分子量: 12436.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0306300 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NLB2, protein-disulfide reductase (glutathione)

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非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M amino acids, 0.1 M MOPS/HEPES sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 13354 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.335 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 91791
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.68-1.716.70.3566520.8871100
1.71-1.746.80.3026490.9421100
1.74-1.776.70.2626480.9611100
1.77-1.816.80.2446591.0071100
1.81-1.856.80.2016491.0321100
1.85-1.896.80.1586521.0631100
1.89-1.946.90.1576621.1411100
1.94-1.996.90.1256611.1481100
1.99-2.0570.1046441.171100
2.05-2.126.90.0896751.1521100
2.12-2.1970.0776641.3121100
2.19-2.2870.0716571.4111100
2.28-2.3870.0666611.5021100
2.38-2.5170.066681.5121100
2.51-2.6770.0556701.6171100
2.67-2.8770.0516711.7521100
2.87-3.167.10.0426701.6771100
3.16-3.626.90.0386881.7161100
3.62-4.566.90.0337021.7591100
4.56-506.20.047521.767199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc1_3423精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
Auto-Rickshaw位相決定
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→24.175 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 655 4.92 %
Rwork0.1566 12665 -
obs0.1582 13320 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.36 Å2 / Biso mean: 22.6901 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→24.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 36 149 1011
Biso mean--34.08 33.75 -
残基数----106
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.68-1.80940.23441370.17872463
1.8094-1.99140.20391300.16432490
1.9914-2.27940.19661220.15162518
2.2794-2.8710.20461310.15842533
2.871-24.1750.17061350.15232661
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.2535 Å / Origin y: 15.2522 Å / Origin z: 4.8039 Å
111213212223313233
T0.1432 Å2-0.0015 Å20.0005 Å2-0.1421 Å2-0.0035 Å2--0.1289 Å2
L2.0234 °2-0.2153 °2-0.2566 °2-1.4626 °20.332 °2--1.2573 °2
S-0.0002 Å °0.084 Å °-0.0683 Å °-0.0249 Å °-0.0251 Å °0.0298 Å °0.0314 Å °-0.0114 Å °0.0245 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 352
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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