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- PDB-7diu: Structure of PfGrx1 in the intermediate state with platinum and cesium -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7diu | ||||||
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Title | Structure of PfGrx1 in the intermediate state with platinum and cesium | ||||||
![]() | Glutaredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / REDOX ENZYME / TRX FOLD / GLUTATHIONE / Pt-SAD / Cs-SAD | ||||||
Function / homology | ![]() protein-disulfide reductase (glutathione) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / glutathione disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Interaction of metals with PfGrx1 Authors: Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 43.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7dikC ![]() 7dilC ![]() 7dimC ![]() 7dinC ![]() 7dioC ![]() 7dipC ![]() 7diqC ![]() 7dirC ![]() 7disC ![]() 7ditC ![]() 7divC ![]() 7diwC ![]() 7dizC ![]() 7dj0C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 12436.457 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate 3D7 / Gene: PF3D7_0306300 / Plasmid: PQE30 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9NLB2, protein-disulfide reductase (glutathione) |
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-Non-polymers , 5 types, 78 molecules ![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MPO / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M amino acids, 0.1 M MOPS/HEPES sodium |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 29, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.879→50 Å / Num. obs: 17785 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.643 / Net I/σ(I): 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.13 Å2 / Biso mean: 31.3659 Å2 / Biso min: 16.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.879→27.574 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -22.9593 Å / Origin y: 9.7755 Å / Origin z: -5.0076 Å
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Refinement TLS group |
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