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- PDB-7dg2: Nse1-Nse3-Nse4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dg2
タイトルNse1-Nse3-Nse4 complex
要素
  • (Non-structural maintenance of chromosomes element ...) x 2
  • MAGE domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMC
機能・相同性
機能・相同性情報


Smc5-Smc6 complex / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / DNA recombination / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / DNA repair / DNA damage response / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / MAGE conserved domain profile. ...Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / C1-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Non-structural maintenance of chromosomes element 3 homolog / Non-structural maintenance of chromosomes element 4 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cho, Y. / Jo, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structure Basis for Shaping the Nse4 Protein by the Nse1 and Nse3 Dimer within the Smc5/6 Complex.
著者: Jo, A. / Li, S. / Shin, J.W. / Zhao, X. / Cho, Y.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
C: MAGE domain-containing protein
D: Non-structural maintenance of chromosomes element 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2819
ポリマ－62,8483
非ポリマー4336
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.486, 66.161, 168.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Non-structural maintenance of chromosomes element ... , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog / Non-SMC element 1 homolog


分子量: 28440.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: nsmce1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PAF4, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosomes element 4


分子量: 8779.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: nsmce4a.L, LOC100158435, nsmce4a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1WBD6

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#2: タンパク質 MAGE domain-containing protein


分子量: 25627.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18029664mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8G3Z0

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非ポリマー , 4種, 323分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 65684 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 21.28 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3086 / CC1/2: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HVQ

5hvq


解像度: 1.7→41.59 Å / SU ML: 0.1689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.0234 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 3266 4.98 %
Rwork0.1898 62310 -
obs0.1912 65576 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4031 0 22 317 4370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76025546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.79522502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.24031290.23592552X-RAY DIFFRACTION93.84
1.73-1.750.26631150.22312559X-RAY DIFFRACTION95.47
1.75-1.780.25841290.22422630X-RAY DIFFRACTION95.83
1.78-1.810.26721280.22412644X-RAY DIFFRACTION97.54
1.81-1.850.27231500.21982681X-RAY DIFFRACTION97.89
1.85-1.880.28531410.22592635X-RAY DIFFRACTION98.3
1.88-1.920.26691460.20832643X-RAY DIFFRACTION98.1
1.92-1.960.2181470.20282703X-RAY DIFFRACTION99.2
1.96-2.010.23211400.19362699X-RAY DIFFRACTION99.4
2.01-2.060.21981390.19542745X-RAY DIFFRACTION99.55
2.06-2.110.22381400.19632667X-RAY DIFFRACTION99.68
2.11-2.180.22591360.20122737X-RAY DIFFRACTION99.65
2.18-2.250.25411480.19762731X-RAY DIFFRACTION99.21
2.25-2.330.22421400.19052713X-RAY DIFFRACTION98.75
2.33-2.420.19641510.19122729X-RAY DIFFRACTION99.9
2.42-2.530.23961280.19352735X-RAY DIFFRACTION99.93
2.53-2.660.23651530.1962756X-RAY DIFFRACTION99.83
2.66-2.830.23981400.20252754X-RAY DIFFRACTION99.79
2.83-3.050.23821360.18842726X-RAY DIFFRACTION98.66
3.05-3.350.21511460.18862791X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.840.18391600.17522793X-RAY DIFFRACTION99.86
3.84-4.840.17831540.15882784X-RAY DIFFRACTION98.62
4.84-41.590.20841700.18652903X-RAY DIFFRACTION98.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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