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- PDB-7dfu: Crystal structure of Xanthomonas oryzae ClpP S68Y in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dfu
タイトルCrystal structure of Xanthomonas oryzae ClpP S68Y in complex with ADEP4.
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Caseinolytic protease P / Clp protease (エンドペプチダーゼClp)
機能・相同性
機能・相同性情報


エンドペプチダーゼClp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / エンドペプチダーゼClp / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZA / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Yang, C.-G. / Yang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22037007 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Dysregulation of ClpP by Small-Molecule Activators Used Against Xanthomonas oryzae pv. oryzae Infections.
著者: Yang, T. / Zhang, T. / Zhou, X. / Wang, P. / Gan, J. / Song, B. / Yang, S. / Yang, C.G.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,94222
ポリマ－160,2737
非ポリマー5,66915
水9,314517
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22740 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area49020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.498, 132.498, 187.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-575-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...
21(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...
31(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...
41(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...
51(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...
61(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...
71(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRILEILE(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA25 - 9125 - 91
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA9292
13VALVALPROPRO(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA11 - 20111 - 201
14VALVALPROPRO(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA11 - 20111 - 201
15VALVALPROPRO(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA11 - 20111 - 201
16VALVALPROPRO(chain A and (resid 25 through 91 or (resid 92...AA11 - 20111 - 201
21TYRTYRASNASN(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB25 - 12425 - 124
22ARGARGLEULEU(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB126 - 169126 - 169
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB170170
24LEULEUARGARG(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB10 - 19910 - 199
25LEULEUARGARG(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB10 - 19910 - 199
26LEULEUARGARG(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB10 - 19910 - 199
27LEULEUARGARG(chain B and (resid 25 through 124 or resid 126...BB10 - 19910 - 199
31TYRTYRILEILE(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC25 - 9125 - 91
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC9292
33LEULEUARGARG(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC10 - 19910 - 199
34LEULEUARGARG(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC10 - 19910 - 199
35LEULEUARGARG(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC10 - 19910 - 199
36LEULEUARGARG(chain C and (resid 25 through 91 or (resid 92...CC10 - 19910 - 199
41TYRTYRILEILE(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD25 - 9125 - 91
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD9292
43LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD10 - 19810 - 198
44LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD10 - 19810 - 198
45LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD10 - 19810 - 198
46LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 25 through 91 or (resid 92...DD10 - 19810 - 198
51TYRTYRILEILE(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE25 - 9125 - 91
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE9292
53THRTHRGLUGLU(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE18 - 19818 - 198
54THRTHRGLUGLU(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE18 - 19818 - 198
55THRTHRGLUGLU(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE18 - 19818 - 198
56THRTHRGLUGLU(chain E and (resid 25 through 91 or (resid 92...EE18 - 19818 - 198
61TYRTYRILEILE(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF25 - 9125 - 91
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF9292
63VALVALGLUGLU(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF11 - 19811 - 198
64VALVALGLUGLU(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF11 - 19811 - 198
65VALVALGLUGLU(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF11 - 19811 - 198
66VALVALGLUGLU(chain F and (resid 25 through 91 or (resid 92...FF11 - 19811 - 198
71TYRTYRILEILE(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG25 - 9125 - 91
72LYSLYSLYSLYS(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG9292
73LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG10 - 19810 - 198
74LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG10 - 19810 - 198
75LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG10 - 19810 - 198
76LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 25 through 91 or (resid 92...GG10 - 19810 - 198

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / / Endopeptidase Clp


分子量: 22896.209 Da / 分子数: 7 / 変異: S68Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae (バクテリア) / 遺伝子: clpP, ADT25_23080, ADT27_15185, EYR26_04825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M1K022, エンドペプチダーゼClp
#2: 化合物
ChemComp-EZA / N-[(6aS,12S,15aS,17R,21R,23aS)-17,21-dimethyl-6,11,15,20,23-pentaoxooctadecahydro-2H,6H,11H,15H-pyrido[2,1-i]dipyrrolo[2,1-c:2',1'-l][1,4,7,10,13]oxatetraazacyclohexadecin-12-yl]-3,5-difluoro-Nalpha-[(2E)-hept-2-enoyl]-L-phenylalaninamide


分子量: 770.862 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52F2N6O8
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 3.0 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 130286 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 2033446
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.974.30.494121050.2240.2430.5560.79293.6
1.97-2.056.70.495128580.1920.1960.5350.83899.3
2.05-2.1410.90.487129880.5430.1490.510.91899.9
2.14-2.2514.50.46130100.7710.1210.4760.96100
2.25-2.39160.409130010.8980.1020.4221.032100
2.39-2.5816.50.345130660.9510.0840.3551.111100
2.58-2.8419.50.265130730.9830.0590.2721.237100
2.84-3.25200.171131700.9940.0380.1751.309100
3.25-4.0923.30.092132570.9990.0190.0941.288100
4.09-3022.90.057137580.9990.0120.0591.01399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIXV1.0精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3STA

3sta


解像度: 1.901→29.692 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 5807 4.91 %
Rwork0.2174 --
obs0.2187 118374 90.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.45 Å2 / Biso mean: 20.6876 Å2 / Biso min: 1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→29.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9897 0 393 517 10807
Biso mean--36.22 18.39 -
残基数----1296
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
12B5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
13C5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
14D5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
15E5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
16F5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
17G5744X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.1949 Å / Origin y: 116.2953 Å / Origin z: 241.2532 Å
111213212223313233
T-0.0726 Å2-0.1678 Å20.0078 Å2--0.3898 Å20.001 Å2---0.0427 Å2
L-0.0937 °2-0.0424 °20.0284 °2--0.0368 °2-0.0562 °2--0.0416 °2
S-0.0125 Å °0.0517 Å °-0.1682 Å °0.0459 Å °0.122 Å °0.0872 Å °0.1252 Å °-0.2072 Å °0.1806 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA11 - 201
2X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 199
3X-RAY DIFFRACTION1allC10 - 199
4X-RAY DIFFRACTION1allD10 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allE18 - 198
6X-RAY DIFFRACTION1allF11 - 198
7X-RAY DIFFRACTION1allG10 - 198
8X-RAY DIFFRACTION1allH401
9X-RAY DIFFRACTION1allI401
10X-RAY DIFFRACTION1allJ401
11X-RAY DIFFRACTION1allK401
12X-RAY DIFFRACTION1allL401
13X-RAY DIFFRACTION1allM401
14X-RAY DIFFRACTION1allN401
15X-RAY DIFFRACTION1allO1
16X-RAY DIFFRACTION1allP1 - 7
17X-RAY DIFFRACTION1allQ3 - 568

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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